Mladi zdravnik Charles Bovary je Emmo Rouault prvič videl, ko so ga poklicali na kmetijo njenega očeta, ki mu je zlomil nogo. Emma je nosila modro volneno obleko s tremi ruffles. Njeni lasje so bili črni, spredaj gladko česani, obrazi roza, videz velikih črnih oči je bil raven in odprt. Charles je bil do tega trenutka že poročen z grdo in prepirljivo vdovo, ki si jo je mati zaradi sporov zamislila. Prelomnica očeta Rouaulta je bila lahka, vendar je Charles še naprej vozil po kmetiji. Ljubosumna žena je ugotovila, da je Mademoiselle Rouault študirala v samostanu ursulinok, da "pleše, pozna geografijo, riše, vezuje in štrli klavir. Ne, to je preveč! " Moža je prizadel.
Vendar je Charlesova žena kmalu nepričakovano umrla. In čez nekaj časa se je poročil z Emmo. Tašča se je na novo snaho odzvala hladno. Emma je postala madame Bovary in se preselila v Charlesovo hišo v mestecu Toast. Izkazala se je za čudovito hosteso. Charles je idoliziral svojo ženo. "Ves svet je bil zaprt zanj v svilnatem pasu njenih oblek." Ko je po službi sedel na pragu hiše v čevljih, ki jih je vezal Emma, se je počutil na vrhu blaženosti. Emma je bila za razliko od njega polna zmede. Pred poroko je verjela, da je "čudovit občutek, ki si ga še vedno predstavlja kot rajska ptica, končno letela k njej", a sreča ni prišla, zato se je odločila, da se moti. V samostanu je postala zasvojena z branjem romanov, želela je, tako kot njene ljubljene junakinje, živeti v starem gradu in čakati na zvestega viteza. Odraščala je s sanjami o močnih in lepih strastih in resničnost v zaledju je bila tako prozaična! Charles je bil predan, prijazen in delaven, toda v njem ni bilo niti sence junaškega. Njegov govor je bil "ploskovit, kot plošča, ob kateri je niz misli drugih ljudi v njihovih vsakodnevnih oblačilih <...> Ničesar ni učil, ničesar ni vedel, ničesar ni hotel".
Nekoč je v njeno življenje vdrlo nekaj nenavadnega. Bovary je prejel povabilo na žogo na gradu prednikov Marquise, na katerega je Charles uspešno odstranil absces v grlu. Čudovite dvorane, ugledni gostje, izvrstne jedi, vonj cvetov, občutljivo perilo in tartufi - v tem vzdušju je Emma doživela akutno blaženost. Še posebej jo je navdušilo, da je med posvetno množico lahko ločila tokove prepovedanih povezav in obsodilne užitke. Zapela je s pravim viskonom, ki je nato odšel v Pariz! Po plesu so ji sateni natikači porumenili z voščenega parketa. "Enako se je zgodilo z njenim srcem kot s čevlji: nekaj pridnega mu je ostalo od kančka razkošja ..." Ne glede na to, kako se je Emma upala na novo povabilo, mu ni sledil. Zdaj ji je bilo življenje v Toastu povsem ogabno. "Prihodnost se ji je zdela temačen hodnik, naslonjen na tesno zaklenjena vrata." Hrepenenje je dobilo obliko bolezni, Emmo so mučili napadi astme, palpitacije, razvila je suh kašelj, navdušenje je popustilo apatiji. Razburjen, je Charles svoje stanje razložil s podnebjem in začel iskati nov kraj.
Spomladi se je par Bovary preselil v mesto Ionville blizu Rouena. Emma je že pričakovala otroka.
Bila je dežela, kjer je "narečje brez značaja, pokrajina pa izvirna." Ob isti uri se je na osrednjem trgu ustavil bedni odrski avtobus, požiralnik, in njegov trener je stanovalcem izročil nakupe. Obenem je celo mesto pripravljalo marmelado, založilo se je za eno leto vnaprej. Vsi so vedeli vse in ogovarjali o vsem in vsem. Bovarije so uvedli v lokalno družbo. Vključeval je farmacevta gospoda Ome, katerega obraz "ni izrazil nič drugega kot narcizem", preprodajalec tekstila, gospod Leray, pa tudi duhovnika, policista, gostilničarja, notarja in več drugih oseb. Glede na to je izstopal dvajsetletni notarski pomočnik Leon Dupuis - blond, z ukrivljenimi trepalnicami, plah in sramežljiv. Rad je bral, risal akvarele in z enim prstom zabijal klavir. Emma Bovary je bila navdušena nad njegovo domišljijo. Že od prvega pogovora sta v drugem drugem čutila prijazen duh. Oba sta se rada pogovarjala o vzvišenem in trpela zaradi osamljenosti in dolgčasa.
Emma si je želela sina, a rodilo se je dekle. Klicala jo je Berta - to je ime, ki ga je slišala na bal pri markizu. Deklico so našli medicinsko sestro. Življenje je šlo naprej. Oče Rouault jim je spomladi poslal purana. Včasih jih je tašča obiskala, saj je snaho grajala zaradi potratnosti. Le Leonova družba, s katero se je Emma pogosto srečevala na zabavah pri farmacevtu, je osvetlila njeno osamljenost. Mladenič je bil že strastno zaljubljen vanjo, a se ni znal razložiti. "Emma se mu je zdela tako krepostna, tako nepremagljiva, da ni več belil upanja." Ni posumil, da Emma v svojem srcu tudi strastno sanja o njem. Nazadnje je notarski pomočnik odšel v Pariz, da bi nadaljeval šolanje. Po odhodu je Emma padla v črno melanholijo in obup. Raztrgala jo je grenkoba in obžalovanje zaradi frustrirane sreče. Da bi se nekako sprostila, je v trgovini Lera kupila nove stvari. Prej je uporabljala njegove storitve. Leray je bil pameten, laskav in mačji zvit človek. Dolgo je ugibal Emminino strast do lepih stvari in vneto ji je ponujal nakupe posojil, pošiljajo bodisi kroje, nato čipke, preproge ali šal. Postopoma je imela Emma do dolga prodajalca, kar njen mož ni posumil.
Nekega dne je lastnik zemlje Rodolfo Boulanger prišel pogledat Charlesa. Sam je bil zdrav kot bik in je pripeljal svojega služabnika na pregled. Takoj mu je bila všeč Emma. Za razliko od plašljivega Leona je bil v odnosih z ženskami in samozavesten izkušen štiriintridesetletni deček Rodolf. Našel je pot do Emminega srca z nejasnimi očitki osamljenosti in nerazumevanja. Čez nekaj časa je postala njegova ljubica. To se je zgodilo na konjski vožnji, ki jo je Rodolph predlagal - kot sredstvo za izboljšanje krepkega zdravja gospe Bovary. Emma se je predala Rodolfu v gozdni koči, šepava, "skrila obraz, vsa v solzah." Vendar pa je takrat v njej utripala strast in zavidno drzni zmenki so postali smisel njenega življenja. Pripisovala je strojene, močne Rodolfove junaške lastnosti svojega namišljenega ideala. Od njega je zahtevala zaobljube večne ljubezni in požrtvovalnosti. Njen občutek je potreboval romantično nastavitev. Prisilila je gospodarsko poslopje, kjer sta se ponoči srečala, v vazah s cvetjem. Rodolfo je naredila draga darila, ki je od istega Lera na skrivaj kupovala vse od svojega moža.
Bolj ko se je Emma navezovala, bolj se je Rodolf hladil do nje. Dotaknila se ga je, anemona, s svojo čistostjo in nedolžnostjo. Najbolj pa je negoval svoj mir. Povezava z Emmo bi lahko škodila njegovemu ugledu. In bila je preveč nepremišljena. In Rodolf je vse pogosteje komentiral to. Enkrat je zgrešil tri zmenke zapored. Emina nečimrnost se je poškodovala. "Mislila je celo: zakaj tako zelo sovraži Charlesa in ali ni bolje, da bi se poskusila zaljubiti vanj? Toda Charles ni vrnil tega vrnitve njegovega nekdanjega občutka, njen požrtvovalni nagon je zlomil, pahnil jo je v popolno zmedo in tu se je farmacevt obrnil in nehote dodal gorivo v ogenj. "
Farmacevt Ome je bil v Jonvilleu naveden kot prvak napredka. Sledil je novim trendom in celo objavljal v časopisu Rouen Svetoch. Tokrat ga je premagala misel, da bi v Newvillu izvedel novopečeno operacijo, o kateri je prebral v hvalevrednem članku. Ome se je s to idejo sprijaznil s Charlesom in prepričal njega in Emmo, da nista nič tvegala. Izbrali so tudi žrtev - ženina, ki je imel prirojeno ukrivljenost stopala. Okoli nesrečneža se je oblikovala cela zarota in na koncu se je predal. Po operaciji je navdušena Emma na pragu srečala Charlesa in se vrgla na vrat. Zvečer je par animirano načrtoval. Pet dni kasneje je ženin začel umirati. Začel je gangreno. Moral sem nujno poklicati "lokalnega zvezdnika" - zdravnika, ki je poklical vse mute in mu odsekal bolno nogo do kolena. Charles je bil obupan, Emma pa je gorela od sramu. Bojni kriki ubogega ubogega ženina so slišali celo mesto. Znova je bila prepričana, da je njen mož povprečnost in nepomembnost. Tistega večera se je srečala z Rodolfom, "in z vročim poljubom se je vsa njihova žalost stopila kot snežna kepa."
Začela je sanjati, da bi trajno zapustila Rodolfo in na koncu resno spregovorila o tem - po prepiru s taščo, ki je prišla na obisk. Tako vztrajno je vztrajala, da se je Rodolph umaknil in dal besedo, da izpolni njeno prošnjo. Sestavljen je načrt. Emma se je pripravljala na beg. Lera je na skrivaj naročila iz dežnega plašča, kovčkov in različnih malenkosti za cesto. Vendar jo je pričakal udarec: na predvečer odhoda se je Rodolf premislil, da bi prevzel takšno breme. Trdno se je odločil, da se razide z Emmo in ji v košarici za marelice poslal poslovilno pismo. V njem je tudi sporočil, da odhaja za nekaj časa.
... Triintrideset dni Charles ni zapustil Emme, ki je začela vnetje možganov. Šele spomladi se je počutila bolje. Zdaj je bila Emma ravnodušna do vsega na svetu. Zanimal se je za dobrodelnost in se obrnila k Bogu. Zdelo se je, da je nič ne more oživiti. Takrat je slavni tenor gostoval v Rouenu. A Charles se je po nasvetu farmacevta odločil, da bo svojo ženo peljal v gledališče.
Emma je poslušala opero Lucia de Lamermur in pozabila na vse. Izkušnje junakinje so se ji zdele podobne mukam. Spomnila se je svoje poroke. "O, če bi ji takrat, ko njena lepota še ni izgubila prvotne svežine, ko se umazanija iz zakonskega življenja še ni spopadala z njo, ko še ni bila razočarana nad prepovedano ljubeznijo, ji je nekdo dal svoje veliko, zvesto srce, vrlina, nežnost, želja in občutek dolžnosti bi se zlili v njej in z višine take sreče ne bi več padla <...>. In v vmesnem času jo je čakalo nepričakovano srečanje z Leonom. Zdaj je vadil v Rouenu. Tri leta se nista videla in pozabila. Leon ni bil več isti plašni mladenič. "Odločil se je, da je čas, da se spravim s to žensko," je prepričala gospo Bovary, da ostane še en dan, da bi spet poslušala Lagarde. Charles ga je toplo podprl in odšel v Jonville sam.
... Spet je bila Emma ljubljena, spet je neusmiljeno prevarala moža in pljačkala z denarjem. Vsak četrtek je hodila v Rouen, kjer je domnevno hodila na glasbene ure, sama pa se je srečala v hotelu z Leonom. Zdaj je delovala kot prefinjena ženska, Leon pa je bil povsem v svoji moči. Medtem je zvit Leray začel vztrajno spominjati na dolg. Na podpisanih računih se je nabralo ogromno. Bovaryju je grozila popis posestva. Grozljivosti takšnega izida si ni bilo mogoče predstavljati. Emma je hitela k Leonu, a njen ljubimec je bil strahopet in strahopet. Že tako se je prestrašil, da je Emma prepogosto prišla k njemu ravno v pisarno. In ni ji pomagal. Niti notar ali davčni inšpektor nista našla naklonjenosti. Tedaj je zasijalo na njej - Rodolf! Navsezadnje se je že davno vrnil na svoje posestvo. In je bogat. Toda njen nekdanji junak je sprva prijetno presenečen nad svojim videzom hladno izjavil: "Nimam takšnega denarja, gospa."
Emma se je oddaljila od njega, čutila, da izgublja razum. S težavo je prišla do lekarne, pobegnila zgoraj, kjer so se hranili strupi, našla kozarec arzena in takoj zaužila prah ...
Nekaj dni kasneje je umrla v strašni agoniji. Charles ni mogel verjeti v njeno smrt. Bil je popolnoma polomljen in srčen. Končni udarec je bil zanj, če je našel pisma Rodolfa in Leona. Spustil se je, zaraščen, neurejen, se sprehajal po poteh in plakal sobily. Kmalu je tudi umrl, prav na klopi na vrtu, v roki je stisnil ključavnico Emminovih las. Najprej je Berta prevzela Charlesova mati, po njeni smrti pa starejša teta. Oče Rouault je zlomil paralizo. Berti ni ostalo denarja in bila je prisiljena iti v predilnico.
Leon se je kmalu po Emini smrti uspešno poročil. Leray je odprl novo trgovino. Lekarnar je prejel častno legijo, o kateri je že dolgo sanjal. Vsi so zelo uspešni.