Akcija se zgodi v Moskvi leta 1584 in začne se v Bojarski dumi prepir: Mihail Nagoj, brat carice Marije Fedorovne, se prepira za kraj s Saltykovom in potegne preostale бояre v swaro. Zaharyin-Yuriev, brat prve carske žene, razrešuje spore in govori o pomembnosti zbiranja primera: John, ki ga je po umoru sina mučil prizadet, se je odločil za samostanski čin in dumi ukazal, naj izbere naslednika. Medtem pa se "sovražniki borijo proti Rusiji z vseh strani", v njej je kuga in lakota. Princ Mstislavski v svoji odločitvi govori o trdoživosti kralja. Nagoja mlademu Dmitru Tsareviču ponuja kraljico in, če je potrebno, »vladarja«, ki ga je pripravljen biti; Sitsky - Zaharyin, ki se ni ničesar obarval. Zaharyin govori za Ivanom Petrovičem Šujskim, ki zdaj sede v obleganem Pskovu.
Vendar je kralj takoj potreben. Zaharyin vpraša Godunova za nasvet, ki se ni postavil na mesta in ki je skromno sedel spodaj. Podrobno je opisal nezavidljiv položaj države, govori o nemožnosti spremembe kralja v takšnem času in pozove бояre, naj prosijo Janeza, naj ostane na prestolu. Sitsky, ki se spominja grozodejstev carja, zaman skuša zaustaviti бояre. Odpravijo se k carju in se na poti odločijo, kdo bo govoril, in plašna suverena jeza. Godunov prevzame tveganje. John, že oblečen v črno noso, ko je slekel Monomakrov klobuk, v postelji počaka na odločitev božarjev in ga obžaluje spomin na zadnjo zlobnico. Iz Pskova prihaja glasnik, ki ga je sprva car skliceval na "novega gospoda", potem pa, ko sliši, da so novice vesele, sliši zgodbo o odsevu napadov in Baturjevem umiku iz Pskov. Od Kurbskega je prejel pismo, v katerem carju očita neroden zlog, grozi s hitrim zajetjem Pskovja, številna Janezova grozodejstva pa imenujejo vzrok njegovih trenutnih porazov in se odkrito spominja njegove odprave. John je besen, ker je uničil vse sorodnike Kurbskega, ni močan, da bi koga sprijaznil. Prihajajo fantje, ki jih kralj sreča v veliki razdraženosti. Po poslušanju kratkega Godunovega govora si nadene Monomakhov klobuk, ki mu očita boje, ki so ga k temu prisilili, in poljubi Godunova, ki je drzno in drzno govoril, "v dobro države". Odsotnost Sitskega ne ostane neopažena in car, ki ne želi poslušati zagovornikov, odredi usmrtitev.
Zakharyin v kraljevskih zbornicah Goduns čaka Janeza, Godunov pa pravi, da je kralj, ki se želi ločiti od kraljice, vnukinje angleške kraljice. Ogorčeni Zaharyin sprašuje, kako je Godunov skušal odvrniti Janeza, in dobi odgovor, da lahko na Janeza vpliva samo na krožno pot. Janez pride in poroča o nemirih v poljskih četah pri Pskovu in o pričakovanju veleposlanika iz Varšave, ki je po njegovem mnenju poslal prositi za mir. Naroči Zaharyinu, naj obvesti ljudi o tem sporočilu. Godunov pove, da se bo z angleškim veleposlanikom pogovarjal o pogojih za prihajajočo poroko. Poskuša posredovati za kraljico in prejme jezno zamer, polno groženj. Če je sam pri sebi, Godunov očita izkazano prijaznost in noče raje vesti v dobro stvari. V hiši Vasilija Ivanoviča Šuškega se zarotijo, da so fantje Mstislavski, Belski in bratje Nagoy uničili Godunova. Odločijo se, da izkoristijo razdraženost ljudi, da bodo zakrivili vse težave Godunovu, in Shuisky ponudi Mihaelu Bityagovskemu, da izpolni načrt. Zaveže se, da bo ljudstvo upiral in ga spodbujal k pobijanju. Belsky predlaga, da bi za isto poslal tudi Prokofyja Kikina. Godunov pride. Gostje se naglo odpravijo. Godunov se pritoži Shuiskyu, da v Dumi ni ljubljen, Shuisky mu zagotavlja njegovo razpoloženje in podporo ter odhaja, kar jih je nenadoma poklical car. Godunov, ki je ostal sam z Bityagovskim, odkrije svoje popolno seznanitev z njegovimi nameni in ga grozi z usmrtitvami brez primere, pošlje ga na enake trge, da bi prepričal ljudstvo proti Šujskemu in Belskyju, ki želita kralja "zastrupiti s strupom".
Medtem pa carica materi carjevičeve ne naroči, naj še kdo k njemu pride, še posebej pa Godunov, zaupa le Nikiti Romanoviču Zaharinu. Zaharyin pride. Kraljica mu pove o govoricah v palači in vpraša, če njen sum ni resničen, da jo kralj želi zapustiti z Demetrijem. Zaharyin jo prosi, naj je pripravljena na vse, car pa naj se ne prepira in zaupa Godunovu. John pride z Godunovom in čaka, da se kraljica preobleče, posluša pogoje angleškega veleposlanika in vpraša o Poljakih, ki so prišli po Garabourdu, se sprašuje, katera dežela Poljska obljublja za mir, in ne želi poslušati strahu glede namena tega veleposlaništva. Kraljica, ki je vstopila, naznani skorajšnjo ločitev. Dimitri obljubi dedovanje UGLICH-a in po zaslišanju Zaharyinove priprošitve mu grozi z usmrtitvijo. John v prestolski dvorani sprejme poljskega veleposlanika v Garaburdi. Zahteve Baturja so tako ponižujoče (izslediti Smolensk, Polotsk, Novgorod in Pskov iz Livonskega polka in dati Poljsko na Poljsko), da car s splošnim mrmranjem pade v bes in po zaslišanju povabila poljskega kralja k borilnim veščinam lovi svojega veleposlanika s psi in ga vrže. sekira. Garaburda ugotavlja, da Janez ne ve o rušenju ruskih polkov na meji, o tem, da Švedi zavzamejo Narovo in njihov skupni pohod z Baturjem v Novgorodu, in ko je Janezu obljubil srečanje s kraljem v Moskvi, odide. Godunov, ki je tekel, potrdi vsa sporočila Garaburda, toda car ukaže, naj se obesijo lažni glasniki in v vseh cerkvah služijo zmagovite molitve.
Na trgu v Zamoskvorechye je množica zaskrbljena pred skladiščem, ogorčena zaradi cene kruha, sodni izvršitelji jemljejo podkupnine in dejstvo, da kralj kršiteljev ne usmrti. Pojavi se Kikin, oblečen kot neznanec, krivi Godunova in se sklicuje na božje znamenje, "krvavo, rebrasto zvezdo." Pravi, da je v Kijevu začutil čudež: Sofijski križ se je ognil in glas, ki kliče, da se Godunov dvigne, slišijo se glasovi v obrambo Godunova, glasovi, ki kličejo premagati branilce, in končno glas Bitjagovskega, ki je v kaftanu s črtano pesmijo na široko odprt. Pravi, da sta Shuisky in Belsky kralja zastrupila, a Godunov je psu vrgel zastrupljeno torto. Ko se Bityagovski zmede nad potepuhom, ki je videl čudež, ga pokliče po imenu in pove, da so ga poslali namerno. Pojavi se Grigory Godunov, ki napoveduje, da Boris Godunov kupuje vse zaloge iz lastne zakladnice in jih bo jutri delil brezgotovinsko. Ljudje hitijo v Kikin. Kraljica, Godunova sestra Irina in njegova žena Marija si ogledata kometa. Kralj jo gleda s verande. Modrece in čarovnike so pripeljali do razkritja, za kaj je komet. John se pojavi in izjavi, da je razumel znamenje: komet naznani svojo smrt. Od kraljice zahteva odpuščanje in želi, da bi natančno vedel čas smrti, da ne bi umrl brez kesanja, pokliče mage. Dan pokličeta Kirillin. Na prošnjo carja Godunova prebere sinodiko, kjer so naštete njegove žrtve, Janez dopolni seznam. Iz Slobode prihaja butler s sporočilom, da je nekega zimskega dne palača pogorela strela. Pretresen, John prosi vse za odpuščanje, moli strastno in vpraša Fedorja, kako bo vladal, vendar Fedor prosi, naj v kraljestvo položi nekoga drugega. Prinašata dve pismi: o pristopu Kana do Moskve in vstaji okoli Kazana. Prinašajo shemnika, ki že trideset let živi v osami. John, ki je sam pri sebi, govori o nesrečah, ki zadenejo Rusijo, in išče nasvete. Shematično kliče veliko ljudi, ki so se sposobni zoperstaviti sovražniku - kralj jih vse uniči. Govori o princu, a princ je mrtev. Potem ko je Janez vodil spletkarja, silijo božarje Mstislavskega, Belskega, Zaharyina in Godunova, da poljubijo križ, da bodo služili Fedorju, peti pa imenuje Ivana Petroviča Šujskega, če bo preživel v bližini Pskov. V Litvo pošlje veleposlanike, da sklenejo mir z Baturjem ob najbolj ponižujočih pogojih, saj verjame, da bo Batur po njegovi smrti zahteval še več, in si želi, da bi se z nehotenim poniževanjem odkupil grehov.
V Cirilu je kraljev dan lepši. Godunov skrivaj pokliče čarovnice in pravijo, da dneva še ni konec. Godunov napoveduje cesarski prestol, spominjajo se tri zvezde, ki ga ločijo od zvezdine veličine, in njegov glavni skrivnostni nasprotnik ("šibek, a močan - nedolžen, kriv pa ne sam", "ubit, ampak živ". Prihaja doktor Jacobi in odgovori Godunovu, da je treba carja zaščititi pred draženjem, zato je Belsky poklical bifone. Godunov sprejme Bityagovskega in ugotovi, da je ljudstvo ogorčeno proti Shuiskyju in Belskyju. Medtem John pregleda zaklade in išče darila za angleško kraljico in nevesto, žest se vrti v bližini kralja, v sosednjih odajah čakajo znamenje. Naslednji dan car imenuje usmrtitev čarovnikov in pošlje Borisa, da jim ga naznani. Je zmagoslavno, a sumljiv in nagnjen k draženju; Ko je sedel igrati šah z Belskyjem, spusti kralja. Godunov se vrne in, ko je kralja opogumil s pomenljivo tišino, naznani odgovor čarovnikov, da je njihova znanost zanesljiva in da Kirillin še ni minil dneva. John v jezi pokliče Godunova izdajalca, obtoži ga poskusa njegovega življenja, pokliče roje in pade. Splošna zmeda. Kralj pokliče spovednika, бояra - zdravnike, po pomoti vodijo bifone. John umira. Ljudje na trgu kričijo, da je kralj nadlegoval Šujski in Belski, zmedeni Fedor pa je pojasnil Godunovu. Godunov pošlje barare v izgnanstvo, Mstislavskega, ki ga skupaj z Nagyem Bitjagovskim očita nemir, v samostan, Nagih - na UGLIČ, skupaj s Tsarico in Demetriusom. Fedor, vpije, objame Godunova. Ljudje na trgu hvalijo oboje.
