Na poročni dan Borisova na prestolu fantje izračunajo plodove svoje vladavine: potlačeno kugo, končane vojne in letine. Presenečeni so nad tem, kako dolgo ga je moral Godunov prepričevati, da prevzame oblast, in le grožnja izobčenja je prisilila k temu. Boris se vrne iz stolnice in namerava sprejeti veleposlanike. Voeikov napoveduje zmago nad sibirskim kanalom. Angleški veleposlanik nudi nevesto Tsarevichu Fedorju; papeški nuncij - sporazum o združitvi cerkva; Avstrijski, litovski, švedski, florentinski ambasadorji spoštljivo prosijo nekoga za pomoč z denarjem ali četami, ki za priznanje njihovega premoženja. Perzijski in turški veleposlaniki drug drugega obtožujejo, da posegajo v Iberijo, veleposlanik iberskega kralja prosi za zaščito. Cesar daje primeren odgovor vsem, poln dostojanstva in moči, in vsem naroči, naj se pustijo v kraljeve odaje ("Med ruskim narodom in carjem ni nobene ovire!"). Boris sam ostane sam in se spomni prinčeve smrti odloči: neizogibna cena za veličino države. Kmalu zatem, ko je Irina v samostanski celici čakala, da ji bodo odrezali lase, posluša poročila Semjona Godunova Romanov, ki niso zadovoljni z odpovedjo praznika svetega Jurija; proti Vasiliju Šujskemu, zvit in nezanesljiv hlapec, vendar prepričan v svoje moči, noče nikogar kaznovati. Prikaže se Irina, Boris pa, ko jo spomni na njegova nihanja na poti do oblasti, ga prosi, da ga opraviči in prizna, da je blaginja Rusije vredna neresnice, skozi katero je postal kralj. Irina ob odobritvi njegovega kraljestva zahteva, da ne pozabi na svojo krivdo in si ne oprosti samega sebe. Levi s svojimi, se ločujejo.
V palači otroci Boris, Fyodor in Xenia poslušajo zgodbe Christiana, danskega vojvode, Xeninega zaročenca - o surovem otroštvu, o vrnitvi na dvor, o bitkah v Flandriji s španskimi četami, ko pa se Fedor pritožuje nad njegovo brezdušnostjo, krščanski opazi, da njegov položaj, ki mu omogoča študij vladanja pod modro suvereno, je veliko bolj vreden. Christian pripoveduje, kako je ljubil Ksenijo po zgodbah ambasadorjev, trgovcev in ujetnikov, ki so skupaj z veličino Rusije slavili lepoto, inteligenco in krotkost princese. Začnejo govoriti o Borisu in vsi se strinjajo v ljubezni do carja, ki sam sebe pozabi na slavo in blaginjo države. Vsi trije si prisegajo pomagati drug drugemu. Christian prosi Borisa, ki je vstopil v primeru vojne, naj ruskim četam omogoči vodenje, toda car je odvračan od miru, ki je prišel že vrsto let. Otroci odidejo, Semyon Godunov, ki je prišel, pa naznani govorico o čudovito rešenem princu Dimitriju. Tsarina Marija Grigoryevna v svojih zbornicah sprašuje uradnika Vlaseva o krščanstvu in ne glede na to, kako je Juliet Vlasyev, ugotovi, da je bil občutek, da kralj ni bil njegov oče, njegov starejši brat, ki zdaj kraljuje, pa ga ne mara. Če uradnik ne obljubi, da bo pričal o Borisu, pokliče Dementjevno in z naraščajočim razdražitvijo izve, da je Ksenija sedela z bratom in ženinom, car pa pozdravlja nove običaje. Carina, ki je prišla k Volohovu, se pritožuje, da je Boris Ksenijo pograbil za Nemce, ne da bi jo vprašal, Nemci pa so menda princeso obrnili. Volokhov se zaveže, da bo božanski, kakšna je moč kristjana, in ga zdrobil ("Tu je koren"). V gozdu, v roparskem taborišču, Ataman Khlopko sprejme novo polnjenje kmetov, preklinjanje Borisa in ukinitev svetega Jurija. Pojavi se Posadski, ki brez kakršnega koli strahu zahteva, da bi svoje sopotnike, ujete na moskovski cesti, ubil roparski stražar, in sporočil resnične novice o pojavu Tsareviča Dimitrija. Posadsky premaga Khlopa, da bi odšel v Bryansk, in tam, ko je prisilil trupla carjeviča, prejel odpuščanje in se boril z Godunovom. Pojavi se Mitka, ki vleče dva ubežnika, Mihaela Povadina in Grška Otrepjeva, ki prosita, da se pridružita bombaški vojski. Ko Posadsky, ko je zabaval roparje, ko se je boril z Mitko in mu naročil, da naj izvlečejo sodčke z vinom, nenadoma izgine, se izkaže, da menihi, ki so hodili z njim, ne vedo, kdo je.
Boris je prisiljen priznati, da ga je pojav novega sovražnika potisnil na krvavo pot. Semyon Godunov, obtožen, da je ugotovil, kdo se skriva za imenom Demetrij, pravi, da ni ničesar vedel za ceno mučenja. Iščejo ime Grishka Otrepyev, ubežnega čudežnega meniha, da bi nekako preimenovali sovražnika. Boris naroči, naj pomnožijo vohune in najdejo dokaze o Romanovih, poleg tega pa zaradi nenehne lakote ljudem izročijo zakladnico in mu zapovedo, naj ne posluša basni o knezu. Tsarevič Fedor prosi, naj ga pošljejo v čete, Tsarevna Ksenia žali zaradi spremembe Borisa in njegove surovosti; Kristijan vpraša, ali je Boris prepričan v Tsarevičevo smrt, in pripoveduje govorice. Otroci odidejo, pojavi se kraljica, polna kavstičnosti in razdraženosti pri kristjanu, ki z otroki razlaga o "kralju". Kralj ostaja gluh za njeno zahtevo, naj pošlje kristjana. Semyon Godunov poroča o hitrem napredovanju izdajalcev, o premestitvi vojakov nanje in o trdovratnem odporu Basmanov. Vasily Shuisky ponuja Borisu, da gre sam v čete ali da pošlje k kraljici podvozja, da bi pričal o smrti svojega sina. Ko je Šujskem naročil, naj razdeli jezike tistim, ki širijo govorice, Boris pošlje Dimitrija po mater. V hiši Fedorja Nikitiča Romanova za kneza pijejo fantje Romanov, Sitsky, Repnin in Čerkaski. Shuisky prihaja, poroča o Borisovem ukazu, je vprašan o svojem iskanju v Uglichu, nejasno odgovarja. Semyon Godunov z lokostrelci, ko je občinstvo obtožil, da želi suverena zastrupiti s strupom, sprejme vse v pripor in opremil Vasilija Šujskega, da opravi zaslišanje. Boris, ki je sam razmišljal o izpolnjeni napovedi ("Ubit, a živ"), ki je prišel do Šujskega, je ukazal, da izjavi z čelne strani, da je sam videl truplo carja v Ugliču. Medtem svetovalci pritiskajo na Christiana in mu razložijo, da naj se zavrne, da se poroči s Ksenijo, da se je Boris izdal s strahom, da je Ksenia hči zlikovca in hlapca. Christian, ki čuti bližajočo se gladkost, verjame v Borisovo krivdo, ne ve, kaj bi se odločil. Prihaja Ksenia in on, zmeden v besede in misli, govori o neizogibni ločitvi, nato pa jo pokliče, naj pobegne pred njim od očeta morilca. Fjodor, ki je tiho vstopil, stoji za očetom, gresta v boj, Ksenija, jok, opominja na prisego, ki jo dajeta drug drugemu. Kristija in Fedor ga odpeljeta in ga odpeljeta.
Na Rdečem trgu detektivi poslušajo pogovore med ljudmi, ki hodijo iz rekviema za Tsareviča Dimitrija (tam je bila razglašena Grinka anatema). Provociranje, tolmačenje govora na način, ki jim ustreza, detektivi zgrabijo skoraj vse po vrsti. Vasily Shuisky iz kraja usmrtitve dvoumno govori o napredujočem sovražniku in govori o iskanju v Uglichu, tako da še vedno ni jasno, kdo je bil umorjeni dojenček. Okoli tega časa je prinčeva mati iz samostana, zdaj redovnica Marta, ki čaka na Borisa in se želi maščevati, odločila, da bo prevaranca prepoznala kot sina; pravi, da svojega mrtvega sina ni videla, ko je izgubil občutke, in pri spominski službi so ji solze zakrile oči. Zdaj, ko je slišal za znake Tsareviča, ki se je pojavil, priznava, da je bil čudežno rešen in živ. Tsaritsa Maria Grigoryevna, ki želi obsoditi prevare, predstavi Volohova. Žalost, ki je prijela Marto ob pogledu na morilca njenega sina, jo izda, a ona noče priznati smrti Demetrija javno. Kmalu zdravnik poroča Borisu o poslabšanju Christianovega zdravja in o njegovi nemoči. Semyon Godunov prinaša pismo Dimitrija Ioannoviča, v katerem je Boris najbolj obremenjen z obljubljenim usmiljenjem v primeru prostovoljnega odrekanja prestola in s tem zaupanja tatova v splošno podporo. Boris zahteva, da pripeljejo kratkolaso Kleshninovo, da bi se prepričali o prinčevi smrti. Ime mu je krščansko in kmalu obvesti o Xeniji in Fedorju o svoji smrti.
Dva straža, ki v prestolski dvorani nosita nočno stražo, se v strahu skrivata, ko se pojavi neprespani Boris. Nekdo si zamisli neko podobo na prestolu in ga, tako da najde straže, preveri, kdo tam sedi. Semyon Godunov pripelje Kleshnina, ki potrdi Demetrijevo smrt, in se spomni, da se izteka mandat Borisovega vladanja, ki so ga napovedovali čarovniki, ga vabi k razžaljenju in odhodu v samostan. Zjutraj je Boris, ko je prejel informacijo od Basmanova, ki je prišel o delni zmagi nad "lopovom", povedal Fedorju o potrebi, da se poroči s prestolom in o prisegi, na katero bodo privedeni бояri. Fedor zapusti prestol, saj ni prepričan, da "tat" ni Demetrij. Boris smiselno ponuja Fedorju nesporne dokaze o smrti Tsareviča, on pa, ko je dojel očetov zločin, zgroženo zavrne dokaze in izjavi, da bo sprejel krono. V jedilnici, čakajoč na Basmanova in carja, бояri preklinjajo oboje in izmenjujejo novice o "knezu". Vstopi Basmanov, ki se pritožuje zaradi neprimerne ekskomunikacije. Boris se pojavi z otroki. Boris nagradi Basmanova. Bojarji, opažajoč Ksenijo žalost, jo usmilijo in se sprašujejo, kaj naj stori z njo, "ko pride v kraljestvo." Boris zahteva prisego zvestobe Fedorju in odobritev te prisege v stolnici izgubi moč in pade. S splošno zmedo izjavlja, da vzrok njegove smrti ni strup, ampak žalost, boarjem zavezuje, naj držijo prisego, opominja, da se bo »samo zlo rodilo zlo« in, ko je Fedor razglasil za kralja, odšel