Prav ta žanr, značilen za literaturo 18. stoletja, si Goethe izbere za svoje delo, dogajanje pa se odvija v enem od majhnih nemških mest konec 18. stoletja. Novela je sestavljena iz dveh delov - to so pisma samega Wertherja in njihovi dodatki pod naslovom "Od založnika do bralca." Wertherjeva pisma so naslovljena na njegovega prijatelja Wilhelma, v njih pa avtor ne želi le opisati življenjskih dogodkov, ampak tudi izraziti svoje občutke, ki jih vzbuja svet okoli njega.

Werther, mladenič iz revne družine, izobražen, nagnjen k slikanju in poeziji, se ustali v majhnem mestu, da bi bil sam. Uživa v naravi, komunicira z navadnimi ljudmi, bere svojega ljubljenega Homerja, riše. Na mladinskem izvenmestnem balu sreča Charlotte S. in se vanjo zaljubi brez spomina. Lotta, to je ime dekliških tesnih prijateljev, je najstarejša hči knežjega amtmana, vsega skupaj je v njihovi družini devet otrok. Njihova mati je umrla, Charlotte pa jo je kljub mladosti uspela nadomestiti z bratoma in sestrama. Ona ni samo navzven privlačna, ampak ima tudi neodvisne presoje. Že prvi dan srečanja Wertherja z Lotto se razkrije naključje okusov, ki ju zlahka razumeta.

Od tega časa mladenič večino časa vsak dan preživi v amtmanovi hiši, ki je od mesta oddaljena uro hoda. Skupaj z Lotto obišče bolnega župnika, gre iskat bolno gospo v mesto. Vsaka minuta, preživeta blizu nje, daje Wertherju užitek. Toda mladostna ljubezen je od samega začetka obsojena na trpljenje, saj ima Lotta zaročenca Alberta, ki se je zaposlil solidno.

Albert prihaja, in čeprav z Wertherjem ravna toplo in občutljivo skriva manifestacije svojih občutkov do Lotte, je zaljubljeni mladenič ljubosumen nanjo. Albert je zadržan, razumen, verjame, da je Werther izjemen človek in mu oprosti nemirno razpoloženje. Werther težko pričakuje tretjo osebo na zmenku s Charlotte, pade v neomejeno zabavo, nato pa v turobna razpoloženja.

Nekoč se Werther, da bi se malo motil, odpravi po gorah in prosi Alberta, naj mu posodi pištole. Albert se strinja, a opozarja, da se jim ne zaračuna. Werther vzame eno pištolo in jo položi na čelo. Ta neškodljiva šala se spremeni v resno razpravo med mladimi o človeku, njegovih strastih in umu. Werther pripoveduje zgodbo o deklici, ki jo je zapuščal njen ljubimec in hitel v reko, saj je brez njega življenje zanjo izgubilo vse pomene. Albert meni, da je to dejanje "neumno", obsoja osebo, ki, odnesena strastima, izgubi sposobnost razuma. Nasprotno, Werther se pretirano racionalizira.

Za rojstni dan Werther v dar dobi od Alberta sveženj: ima lok iz Lotine obleke, v katerem jo je prvič videl. Mladenič trpi, razume, da se mora sprijazniti s poslom, oditi, a vedno odloži trenutek ločitve. Na predvečer odhoda pride v Lotte. Na vrtu se odpravijo v svoje najljubše vrtnice. Werther ne govori ničesar o bližajoči se ločitvi, a deklica, kot da jo pričakuje, začne pogovor o smrti in o tem, kaj bo sledilo. Spominja se svoje matere, zadnje minute, preden sta se z njo razšla. Navdušen nad svojo zgodbo Werther kljub temu najde moči, da zapusti Lotto.

Mladenič odide v drugo mesto, postane uradnik pri glasniku. Glasnik je izbirčen, pedanten in neumen, vendar se je Werther spoprijateljil z grofom von K.-om in poskuša osvetliti njegovo osamljenost v pogovorih z njim. V tem mestu so, kot kaže, posestni predsodki zelo močni in mladenič nenehno opozarja na svoj izvor.

Werther sreča dekle B., ki nejasno spominja na neprimerljivo Charlotte. Z njo se pogosto pogovarja o svojem preteklem življenju, med drugim ji pripoveduje o Lotte. Okoliška družba moti Wertherja in njegov odnos do glasnika se poslabša. Zadeva se konča tako, da se glasnik pritoži zanj ministru, enako kot občutljiv človek, napiše mlademu moškemu pismo, v katerem ga razglasi za preobčutljivega in poskuša svoje ekstravagantne ideje usmeriti v smer, kjer bodo našli pravo uporabo.

Werther se nekaj časa pomiri s svojim položajem, a obstaja "nadloga", ki ga prisili, da zapusti službo in mesto. Bil je na obisku pri grofu von K., sedel je, v tem času so se začeli zbirati gostje. V mestu pa ni bilo navade, da se človek iz nizkega razreda pojavlja v plemiški družbi. Werther ni takoj spoznal, kaj se dogaja, poleg tega, ko je videl znano dekle B., se je pogovarjal z njo, in šele ko so vsi začeli žvrgoleti vanj, njegov sogovornik pa je težko nadaljeval pogovor, je mladenič naglo odšel. Naslednji dan so se po mestu razširile trače, da je grof von K. vrgel Wertherja iz njegove hiše. Ne želi čakati, ko ga bodo prosili, naj odpove službo, mladenič predloži odstopno pismo in odide.

Najprej Werther odpotuje v rodne kraje in se prepusti sladkim spominom iz otroštva, nato sprejme prinčevo povabilo in odide v svoje posesti, tu pa se počuti zunaj. Nazadnje, ko ločitve ne prenese več, se vrne v mesto, v katerem živi Charlotte. V tem času je postala žena Alberta. Mladi so veseli. Videz Wertherja prispeva k njihovemu družinskemu življenju. Lotte sočustvuje z zaljubljenim mladim moškim, vendar ona ni sposobna videti njegove muke. Werther se mudi, pogosto sanja, da bi zaspal in se ne zbuja več, ali pa želi storiti greh in nato odkupiti.

Ko Werther med sprehodom po obrobju mesta sreča norega Henryja, ki zbira šopek rož za svojo ljubljeno. Kasneje izve, da je bil Henry pisar z Lotteinim očetom, se zaljubil v dekle in ljubezen ga je zmešala. Werther meni, da ga podoba Lotte preganja in nima dovolj moči, da bi prenehal trpeti. Ob tem se mladostna pisma odlomita, o njegovi prihodnji usodi pa bomo izvedeli od založnika.

Ljubezen do Lotte naredi Wertherja nevzdržno za druge. Po drugi strani se odločitev za odhod na svet vse bolj krepi v duši mladeniča, saj ljubljenega preprosto ne more zapustiti. Nekega dne najde Lotto, da na božični večer razvršča darila za svojo družino. Obrne se k njemu z prošnjo, da bi naslednjič prišla k njim, ne prej kot na božični večer. Za Wertherja to pomeni, da mu je odvzeto zadnje veselje v življenju. Kljub temu naslednji dan še vedno odhaja v Charlotte in skupaj sta prebrala odlomek iz Wertherjevega prevoda Ossianinih pesmi. V nejasnih občutkih mladenič izgubi nadzor nad seboj in se približa Lotte, zaradi česar ga prosi, naj jo zapusti.

Po vrnitvi domov Werther uredi svoje zadeve, napiše poslovilno pismo svojemu ljubimcu, hlapca pošlje Albertu za pištole. Točno ob polnoči je v sobi Wertherja odjeknil strel. Zjutraj hlapec najde mladeniča, ki še vedno diha, na tleh pride zdravnik, vendar je že prepozno. Albert in Lotta sta zaskrbljena zaradi Wertherjeve smrti. Pokopali so ga nedaleč od mesta, v kraju, ki si ga je izbral zase.