Marec 1865. V Združenih državah Amerike je med državljansko vojno pet jurčkov severnjakov zbežalo z balonom iz južnjaških prebivalcev Richmonda. Grozno neurje jih štiri vrže na obalo nenaseljenega otoka na Južni polobli. Peti človek in njegov pes se skrivata v morju ob obali. Ta peta - določena Cyres Smith, nadarjena inženirka in znanstvenica, duša in vodja odreda popotnikov - več dni nehote drži svoje spremljevalce v napetosti, ki nikjer ne najdejo ne njega ne psa, ki bi mu bil Top namenjen. Najbolj trpi nekdanji suženj, Smith pa je zdaj zvest služabnik črnec. V balonu sta bila tudi vojni novinar in Smithov prijatelj Gideon Spilet, zelo energična in odločna oseba z razdraženim umom; mornar Pencrof, dobrodušen in pustolovski drzni mojster; Petnajstletni Harbert Brown, sin kapitana ladje, na kateri je jadral Pencroff, je ostal sirota in ki jo mornar obravnava kot svojega lastnega sina. Po napornem iskanju Nab končno najde svojega neupravičeno shranjenega gostitelja, kilometer od obale. Vsak od novih naseljencev na otoku ima nenadomestljive talente, pod vodstvom Cyres in Spileta pa se ti pogumni ljudje zberejo in postanejo združena ekipa. Najprej stanovalci opremijo svoje življenje z najpreprostejšimi sredstvi, nato pa proizvedejo bolj in bolj zapletene predmete dela in gospodinjskih dobrin v svojih majhnih tovarnah. Lovijo, nabirajo užitne rastline, ostrige, nato pa celo gojijo domače živali in se ukvarjajo s kmetovanjem. Zase si uredijo visoko v skali, v jami, osvobojeni vode. Kmalu kolonisti zahvaljujoč svojemu trudu in inteligenci ne poznajo več potrebe po hrani, oblačilih, toplini in udobju. Imajo vse, razen novic o svoji domovini, za usodo katerih jih zelo skrbi.
Ko se enkrat vrnejo v svoje bivališče, ki ga imenuje Granitna palača, vidijo, da se znotraj njih opirajo opice. Čez nekaj časa, kot da bi pod vplivom norega strahu opice začele skakati skozi okna, nekdo z roko vrže vrvno lestev, ki so jo opice dvignile v hišo. V notranjosti najdejo drugo opico - orangutana, ki ga hranijo in kličejo strica Jupe. V prihodnosti Jupe postane prijatelj, hlapec in nepogrešljiv pomočnik ljudi.
Nekega drugega dne naseljenci najdejo na pesku škatlo z orodjem, strelnim orožjem, različnimi aparati, oblačili, kuhinjskimi pripomočki in knjigami v angleščini. Naseljenci se sprašujejo, od kod bi lahko prišla ta škatla. Iz zemljevida, ki se je prav tako pojavil v škatli, ugotovijo, da je poleg njihovega otoka, na zemljevidu, ki ni označen, otok Tabor. Mornar Pencrof je željan iti k njemu. S pomočjo svojih prijateljev gradi bot. Ko je bot pripravljen, se vsi skupaj odpravijo na poskusno potovanje po otoku. Med njo najdejo steklenico z napisom, ki pravi, da na otoku Tabor čaka rešen človek, ki čaka na reševanje. Ta dogodek krepi Pencroffovo zaupanje na obisk sosednjega otoka. Pencrof, novinar Gideon Spilet in Harbert sta odplavala. Prihajajoči v Tabor odkrijejo majhno barako, kjer po vseh navedbah že dolgo nihče ne živi. Razpršijo se po otoku, ne upajoč, da bi videli živega človeka, in poskušajo najti vsaj njegove ostanke. Nenadoma zaslišijo Harberta krik in mu hitijo na pomoč. Vidijo Harberta, ki se bori s kakšnim bitjem, ki ga gojijo opice. Vendar se opica izkaže, da je divji človek. Popotniki ga zavežejo in prevažajo na njihov otok. Dajo mu ločeno sobo v Granit palači. Zaradi njihove pozornosti in skrbi se divjak kmalu vrne v civiliziranega človeka in jim pove svojo zgodbo. Izkazalo se je, da mu je ime Ayrton, on je nekdanji zločinec, hotel je prevzeti jadrnico ladjo Duncan in se s pomočjo istih dreves družbe spremenil v gusarsko ladjo. Vendar njegovim načrtom ni bilo usojeno, da se je uresničil, in kot kazen je bil pred dvanajstimi leti zaprt na nenaseljenem otoku Tabor, da bo spoznal svoje delo in odkupil svoj greh. Vendar je lastnik "Duncana" Eduard Glenarvan dejal, da se bo nekega dne vrnil v Ayrton. Naseljenci vidijo, da se Ayrton iskreno pokaje za svoje pretekle grehe in jim na vsak način skuša biti v pomoč. Zato ga niso naklonjeni, da bi ga sodili za preteklo kršitev in ga voljno sprejeli v njihovi družbi. Vendar Ayrton potrebuje čas, zato prosi za priložnost, da živi v koralu, ki so ga naseljenci zgradili za svoje udomačene živali na neki razdalji od palače Granit.
Ko se je bot ponoči vrnil v nevihto z otoka Tabor, ga je rešil kres, ki so ga, kot so mislili, plavali na njem, vžgali njihovi prijatelji. Vendar se izkaže, da pri tem niso bili vpleteni. Izkazalo se je tudi, da Ayrton ni vrgel steklenice nota v morje. Naseljenci ne morejo razložiti teh skrivnostnih dogodkov. Vse bolj se nagibajo k misli, da je poleg njih na otoku Lincoln, ko so ga krstili, še kdo, njihov skrivnostni dobrotnik, ki jim v najtežjih situacijah pogosto priskoči na pomoč. Odpravijo se celo na iskalno ekspedicijo v upanju, da bodo našli njegov kraj bivanja. Vendar se iskanje konča brez uspeha.
Naslednje poletje (kajti od trenutka, ko se je Ayrton pojavil na njihovem otoku, in preden jim je povedal svojo zgodbo, je že minilo pet mesecev in poletje je konec, in v hladni sezoni je nevarno jadrati), se odločita, da se vrneta na Taborski otoki, da v koči pustijo noto. V opombi nameravajo opozoriti stotnika Glenarvana, če se vrne, da Ayrton in pet drugih poškodovanih žrtev čakajo na pomoč na sosednjem otoku.
Naseljenci živijo na svojem otoku že tri leta. Njihovo življenje, njihovo gospodarstvo je doseglo blaginjo. Že zdaj nabirajo bogate pridelke pšenice, pridelane iz enega samega žita, ki so ga pred tremi leti našli v žepu Harberta, zgradili mlin, vzredili perutnino, popolnoma opremili svoje bivališče, iz muflonske volne naredili nova topla oblačila in odeje. Vendar njihovo mirno življenje zasenči en incident, ki jim grozi s smrtjo. Enkrat, ko gledajo morje, v daljavi zagledajo dobro opremljeno ladjo, nad ladjo pa plava črna zastava. Ladja se zasidra ob obali. Prikazuje čudovite daljnosežne puške. Ayrton se pod nočno zaščito prikrade na ladjo, da opravi izvidništvo. Izkaže se, da je na ladji petdeset piratov. Ayrton se čudežno zdrsne z njih in se vrne na obalo ter obvesti svoje prijatelje, da se morajo pripraviti na bitko. Naslednje jutro se z ladje spustita dva čolna. Na prvem so naseljenci ustrelili tri, ona pa se vrne, druga pristane na plaži in šest preostalih gusarjev na njej se skriva v gozdu. Topovi so iz broda izžareni, še bližje pa je obali. Zdi se, da nič ne more rešiti peščice naseljencev. Kar naenkrat se pod ladjo zavihti ogromen val in potone. Vsi pirati na njem umrejo. Kot se pozneje izkaže, je ladjo razstrelil rudnik, ta dogodek pa prebivalce otoka končno prepriča, da tukaj niso sami.
Sprva gusarjev ne bodo iztrebili, saj jim želijo dati možnost, da vodijo mirno življenje. A izkaže se, da roparji tega niso sposobni. Začnejo oropati in kuriti gospodinjstva naseljencev. Ayrton gre na koral, da obišče živali. Pirati ga zgrabijo in odpeljejo v jamo, kjer ga želijo mučiti, da se strinja, da gre na njihovo stran z mučenjem. Ayrton ne popušča. Njegovi prijatelji mu priskočijo na pomoč, vendar je v koralnem Harbertu hudo poškodovan, njegovi prijatelji pa ostanejo v njem in se ne morejo vrniti z mladim moškim, ki je umrl. Po nekaj dneh se še vedno odpravijo proti Granit palači. Zaradi prehoda Harbert začne maligno vročino, on je na smrt. Spet je v njihovem življenju poseglo providnost in roka njihovega dobrega skrivnostnega prijatelja jim vrže potrebno zdravilo. Harbert si popolnoma opomore. Naseljenci nameravajo končni udarec zadati gusarjem. Odidejo do koral, kjer jih nameravajo najti, a najdejo Ayrtona, ki je izčrpan in komaj živ, in v bližini trupla roparjev. Ayrton poroča, da ne ve, kako je končal v koralu, ki ga je pripeljal iz jame in ubil gusarje. Vendar poroča eno žalostno novico. Pred tednom dni so razbojniki odšli na morje, vendar, ne vedoč, kako nadzirati bota, so ga razbili na obalnih grebenih. Potovanje na Tabor je treba preložiti do izdelave novega vozila. V naslednjih sedmih mesecih se skrivnostni neznanec ne počuti. Medtem se na otoku zbudi vulkan, za katerega so kolonisti menili, da je že mrtev. Zgradijo novo veliko ladjo, ki bi jih po potrebi lahko dostavila na poseljeno zemljišče.
Nekega večera, že pripravljeni na posteljo, prebivalci palače Granit slišijo zvon. Telegraf, ki so ga preživeli od koral do doma, deluje. Nujno jih pokličejo v koral. Tam najdejo zapisek, v katerem prosijo, da gredo po dodatni žici. Kabel jih vodi v ogromno grotlo, kjer na njihovo začudenje zagledajo podmornico. V njem se seznanijo z njegovim gospodarjem in njegovim zavetnikom, stotnikom Nemo, indijskim princem Dakkarjem, ki se je vse življenje boril za neodvisnost svoje domovine. On, že šestdesetletni moški, ki je pokopal vse svoje sodelavce, je blizu smrti. Nemo novim prijateljem podari kovček z dragulji in opozori, da bo otok (takšna je njegova struktura), ko bo izbruhnil vulkan, eksplodiral. Umre, naseljenci prikažejo lopute čolna in ga spustijo pod vodo, novo ladjo pa ves dan neumorno gradijo. Vendar nimajo časa, da bi ga dokončali. Vse življenje propada med eksplozijo otoka, od katerega ostane le majhen greben v oceanu. Naseljenci, ki so prenočili v šotoru na obali, jih v morje vrže zračni val. Vsi z izjemo Jupe ostanejo živi. Že več kot deset dni so sedeli na grebenu in skoraj umirali od lakote in niso več ničesar upali. Nenadoma zagledajo ladjo. Tukaj je Duncan. Vse reši. Kot je pozneje odkrito, je stotnik Nemo, medtem ko je bil še vedno na varnem, plaval na njem do Taborja in reševalcem pustil noto.
Ko se vrnejo v Ameriko zaradi nakita, ki ga je podaril kapitan Nemo, prijatelji kupijo velik kos zemlje in na njem živijo tako, kot so živeli na otoku Lincoln.