En japonski industrialec se je pod vplivom ameriške mode odločil, da bo začel graditi posamezna atomska zaklonišča, vendar niso mogli vzpostaviti množične proizvodnje, zato je bilo edino zgrajeno zavetišče opuščeno. Pet let pozneje je gradbeno podjetje s pomočjo bunkerja postavilo trinadstropno stavbo, katere hrbtna stran je bila pobočna. V tej hiši se je naselil moški, ki je prostovoljno zapustil družbo. V bližnji preteklosti je bil osebni tajnik znanega politika, se poročil s hčerko in oglaševal atomska zaklonišča v gradbenem podjetju, ki ga je nadzoroval njegov tast.
Toda nekega lepega dne je od svoje žene vzel petletnega sina, za katerega so zdravniki menili, da je duševno zaostala, in je z otrokom začel živeti kot zapuščenec v zavetišču. Sam se je imenoval za odvetnika tistih, ki jih je najbolj ljubil na tem svetu - dreves in kitov. Zamenjal je ime, da bi poudaril svoje novo bistvo, in se začel imenovati Ooki ("mogočno drevo") Isana ("pogumna riba"). Ukvarja se s fotografijami kitov, skozi daljnogled opazuje drevesa, ki rastejo zunaj. Da bi bil bližje naravi, je v tleh bunkerja naredil luknjo 30 × 30 centimetrov in se zalučal v misel, tako da je bose noge postavil na resnično zemljo. Isana je posnela glasove različnih ptic, njegov sin Džin pa se jih je naučil natančno prepoznati: izkazalo se je, da ima fant nenavadno navdušen sluh.
Ko se incident zgodi v močvirni nižini, ki je vidna z oken zaklonišča. Mlado dekle zapelje policijskega agenta, njeni prijatelji pa ga napadejo in mu odvzamejo pištolo. Da bi se rešil, si agent izbere najbolj slabovidnega med napadalci in, ko se je to potrudil, položi lisico na roko, medtem ko klikne drugo lisico na roko. Najstniki so agenta pretepli, fant pa mu poskuša odrezati roko, da bi pobegnil. Policist odvije lisico in pobegne, najstniki pa dolgo časa kričijo za njim.
Videla, da so drevesa pokrila z mladim listjem in pridobila občutek popolne varnosti, se Isana, duhovno povezana z njimi, tudi počuti zaščiteno in zapusti zavetje. Tako kot rastline se zbudi iz mirovanja in išče pot ven zaradi energije, ki se je nabrala v njem. Skupaj z Jinom se popeljeta na avtobus in se odpravita v park, a prispeta prepozno: park je že zaprt in vožnje ne delujejo. Paznik jih kljub temu pogreša, v zapuščenem parku pa srečajo skupino agresivnih najstnikov, med katerimi ima eden zavoženo roko. Isana čuti neslišen strah in se mudi, da se vrne v zavetišče. Če gre sama v trgovino in pusti Jino doma sama, Isana doživlja tudi strah. Ponoči ima nočne more. Ima občutek, da njihovo zavetišče ves čas gledajo. Ko enkrat odkrije risbo na steni hiše - krog in križ. Isana slika poleg tega vzorca oči. V bližini njegove hiše sreča dekle, ki mu ponudi, da spi v garderobi slavne igralke v zapuščenem filmskem studiu, ki stoji na oddaljenosti od močvirnih nižin. Isana ne odgovori ničesar in odide, ponoči pa sliši potepanje najstnikov na strehi in skrbi Jin, čigar krhko duševno ravnovesje tako zlahka vznemiri.
Naslednji dan Isana skozi daljnogled pogleda v ruševine filmskega studia in v oknu paviljona zagleda golo dekle. Nenadoma opazi skupino najstnikov, ki ga obtožijo, da je vohunil za njimi. Sprašujejo, zakaj Isana in Jin živita tukaj, ne da bi se z nikomer pogovarjala. Isana jim razloži, da je odvetnik za drevesa in kite. Najstniki so po grozi z odvzemom prisilili Isana, da bo pustil fanta v svoji hiši, najstnika, katerega rana se je začela gnojiti, in Inago, tisto dekle, ki je predlagalo Isanu, da spi z njo. Isana gre v lekarno po zdravila za bolnika, Inago pa skrbi Jin. Na Isanovo presenečenje deklica z otrokom ravna skrbno in pozorno.
Eden od najstnikov, Takaki, pripoveduje Isani o drevesu kitov. Takaki je kot otrok slišal zanj, sanjal o njem, a ga nikoli ni videl. Ime "Kitovo drevo" daje Isanu topel občutek, tudi njemu se začne začeti dozdevati, da takšno drevo obstaja. Vrnitev iz lekarne Isana pade s kolesa. Najstniki se smejijo, sploh ne razmišljajo, da bi ga lahko poškodovali. Isana se čudi njihovi surovosti. Takaki prispe k Isani v ukradenem avtomobilu in nadaljuje zgodbo o kitovem drevesu. Nekaj dni kasneje Takaki pokaže Isani predpomnilnik najstnikov: nastanili so se v zapuščenem filmskem studiu. Šoun so razstavili, katerega eden naj bi čuval, v delih so ga odvlekli do enega od paviljonov, tam pa so ga zbrali in začeli preučevati pomorski posel, da bi kasneje lahko zapluli. Najstniki so združeni v Zvezo svobodnih marincev in živijo prav tu, v kleti opremijo kabine.
Videti, da je Takaki pripeljal Isana, Bitko, ki se je skoraj okreval in se vrnil v šunjo, želi ustreliti "tega norega": nihče več ne bi smel vedeti za njihov predpomnilnik. Isana se ne boji smrti: Inago tako dobro skrbi za dečka, da lahko brez očeta. Toda Isana mora izpolniti svoje poslanstvo - povedati novincem iz drugih svetov, da na zemlji ne kraljuje človek, temveč kiti in drevesa. Boj se boji, da jih bo Isana prijavila policiji, toda vsi ostali najstniki so prežeti zaupanje v Isana in mu ponudijo, da se jim pridruži.
Moški z imenom Korotky, ki je že star štirideset let, tako da je celo starejši od Isana, pravi, da se je pri petintridesetih letih nenadoma začel krčiti in se še vedno krči. Dejansko se mu zdijo okončine predolge v primerjavi s pretirano kratkim telesom. Poslali so ga v psihiatrično bolnišnico, a je od tam pobegnil. V svetu običajnih ljudi nima svojega mesta in v družbi mladostnikov se počuti normalno. Ob poslušanju Isanovega razmišljanja o drevesih in kitih najstniki prihajajo do zaključka, da ima tisto, kar jim manjka: sposobnost, da svoje misli izrazijo z besedami. Verjamejo, da jim bo morda koristilo njegovo odlično vodenje besede.
Isana najstnikom priznava njihove grehe: ko je bil njegov tast, je pripeljal fante, privoščil si je svoje sprevrženosti. Nekoč so po naključju ubili dečka in od takrat Isana ne pozna miru. Kot "strokovnjak za besede" Isan začne pri najstnikih preučevati angleščino, za to izbere "Moby Dick" in Dostojevskega v angleškem prevodu. Sprva se boji, da se pogovori starca Zosima zdijo najstnikom preveč moralni, vendar jih poslušajo z velikim zanimanjem, zato jih beseda molitev dobesedno ujame. Na Isanovo presenečenje so se mladostniki resnično zaljubili v Jin in uživali ob poslušanju resne glasbe. Isana živi v pričakovanju konca sveta, najstnike pa čaka Veliki potres - imajo veliko skupnega.
Najstnike v Zvezo svobodnih marincev privabi vojak sil samoobrambe - ljubljeni Inago. Želijo ga, da ga nauči ravnati z orožjem. Isana prosi svojo ženo Naobi, da poišče kraj na obali, kjer bi lahko skupaj s prijatelji živel dva do tri tedne. Naobi najde takšno mesto zanje v Izuju, toda Korotky stori izdajo - fotografira vojaške vaje Zveze svobodnih marincev in tednik prodaja fotografije. Najstnike želi prisiliti, da ga ubijejo, saj verjame, da jih bo zločin združil in Zvezo svobodnih marincev spremenil v vojaško organizacijo. Najstniki organizirajo sojenje Korotkyju, med katerim eden od njih - Tamakichi - slučajno poškoduje Korotkyja. Zavedajoč se, da je Kratka rana smrtna, se mladostniki odločijo za usmrtitev. Vsak od njih vrže kamen nanj. Isana in vojak stojita narazen. Vojak, zgrabi naložen mitraljez in vrže Inagoja, se postavi na motor in pobegne, najstniki se lovijo. Eden od njih - Tamakichi - vrže granato na ribiško španjo. Šovon zasveti in sumnik pade na vojaka. Vojak stori samomor. Inago postane Isanova ljubica, Isan, Dzini, Inago pa se v zatočišču vrnejo v Tokio. Tam jih srečujejo najstniki: uničujejo filmski studio, nikamor jih ni bilo, po razbijanju okna pa so se zleknili v Isanovo zavetišče.
V paviljonu v filmskem studiu se je zgodil samo en boj: nikoli se ni strinjal, da bi zapustil šofer. Da ji ne pade v napačne roke, ga razstreli. Dečki, ki so uničevali filmski studio, so pretepli Fantka. Tamakichi odpeljenega tovariša odpelje na kliniko na tokijsko univerzo in ga pusti v arkadi. Najstniki razmišljajo, kaj storiti naprej. Isana prosi Naobi, da pomaga, da bi denar dobil ladjo, da bi lahko plula z najstniki. Naobi se je sama izbrala za volitve, Isana pa upa, da bi bilo bolj koristno, če bi njen mož in sin plaval v morju in varoval kite, namesto da bi sedel v atomskem zatočišču. Naobi obljublja, da bo gradbenemu podjetju ponudil, da bo od Isana kupil zavetišče in zemljišče - izkupiček bo dovolj za načrtovano podjetje. Za vsak slučaj mladostniki dajo zaloge hrane - če jih bodo oblegali, jih bodo potrebovali v zavetišču, če pa bodo pripluli, jih bodo vzeli s seboj. Da ne bi ogrozili otroka, najstniki ponudijo Isanu in Jinu, da zapustijo zavetišče, Isana pa želi svojo ženo obvestiti, da sta ona in Jin vzeta za talca - potem ji bo zagotovo dala ladjo na razpolago. Policijska vozila so vidna z okna zaklonišča. Zgradbo je obkrožil motorizirani vod. Najstniki streljajo, policija je strelila solzivec. Obkoljenega pozivajo, naj se preda.
Najstniki čakajo na prihod Isanove žene. Prihaja Naobi, vendar trdi, da tudi v imenu življenja svojega otroka ne bo sklenila dogovora s kriminalci. Najstniki se pogumno borijo, vendar moč ni na njihovi strani in umirajo drug za drugim. Postane jasno, da ladje ne potrebujejo več: še vedno niso mogli pluti, ker so bili ubiti navigator in radio. Tamakichi se namerava boriti do konca, vendar ne želi, da Zveza svobodnih marincev izgine brez sledu. Takakija povabi, naj odide in ga oživi. Isana je odstopila kot specialist, po navedbah Zveze svobodnih mornarjev, zdaj pa je popolnoma zavezan dolžnostim odvetnika za kite in drevesa. Takaki priznava, da je njegova zgodba o drevesu kita fikcija, vendar Isana ugovarja, da takoj, ko ne more iti v Takakijev dom in se v to prepričati, ga nič ne prepreči, da bi verjel, da kitovo drevo obstaja. Takaki z belo zastavo zapušča zavetišče, za njim pa Inago z Jinom v naročju in zdravnikom (nekdanjim študentom medicinskega inštituta). Medtem ko gredo do avtomobila, jih je policija pretepla.
Ko avto odpelje tiste, ki so se predali, se proti zavetišču pripelje gasilsko vozilo z žerjavom in začne rušiti stavbo. V zavetišču sta ostala le Isana in Tamakiti. Isana se spusti do bunkerja. S stopali na tla posluša film s kriki kitov. Voda premaga vodnjak: vrgel jo je požarni stroj, iztekel je pod temelj in se zamašil na mestu, kjer je bila v tleh luknja. Pokrov luknje se dvigne, slišijo se streli. Isana strelja nazaj. Voda se dviga višje in višje. Obrnejo se k dušam dreves in kitov, jim Isana pošlje zadnji odpuščanje in umre.