Roman je sestavljen iz petih delov - vsak pripoveduje o Gospodovi usmrtitvi, ki je padla na zemljo, kot je napovedal prerok Ezekiel.

Prvi del - "The prispodoba o izgubljenem bratu" - govori o drugi usmrtitvi - lakoti. Prizorišče je lačna Ukrajina v času kolektivizacije; 1933. V podeželski čajni hiši Marija, beraška deklica, poskuša nekaj prositi za Kristusa zaradi nje, vendar je nihče ne da - razen judovskega fanta, ki z njo deli nečisti kruh izgnanstva. Vaščani so nad tujim dejanjem ogorčeni; dekliški kruh se vzame. Fant, ki je dal svoj kruh, je Dan, Aspid, Antikrist, brat Kristusa Mesije. Prek razodetjem prerokov komunicira z Gospodom, ki ga je poslal na zemljo, v Rusijo, saj je to ljudstvo lagalo Gospodu, ga zapuščalo - in s tem nadomeščalo leseni jarem z železnim jarmom.

Deklica Marija se skupaj z mlajšim bratom Vasjo vračata v njuno sestradajočo vas. Mati se odloči, da bo družino ločila - da bi enega od otrok vrgla neznancu, le pusti nekoga; odhaja na delo v drugo mesto. Pred odhodom vodi Marijo in Vasjo v mesto; lačnemu otroku neznanec znova postreže kruh, mama pa vrže kos, ki ni naš, ne-pravoslavni. Kasneje bodo otroci v mestu še enkrat prosili Antikrista za miloščino, tokrat pa jih bo ustavil policist - prosjačenje je prepovedano.

Otroci, ki jih zapušča mati, padejo v sprejemnik. Naročeni so jim, da se lahko z njihovo pomočjo vrnejo domov. Na poti dirigent posili Marijo in pobegne. Otroci spet odidejo v zavetišče; ponoči jim stražnik pripoveduje zgodbo o "božjem otroku" "Jezusa Kristusa", ki so ga mučili Judje. Marijo odpeljejo iz mesta. Deklica beži; Enkrat sama na zasneženem polju se sprehaja po njej in joka z božjim krikom, iz katerega je razsvetljeno srce. Marija išče starejšo sestro Ksenijo, v njeni hiši živi že približno leto. Ko postane nepotrebna priča družinskih prizorov (sestra vara moža in ljubimca), jo pošljejo nazaj v vas. Tudi tam nihče ni vesel; joka od krivice, Marija se spet sprehaja po polju; tam sreča Dana, antikrista. Na vprašanje o vzroku solz dekle odgovarja: "ker so judovski Judje ubili božjega sina in je zdaj v nebesih ter mojega brata Vasja na zemlji v mestu Izum." Tako se je uresničila Izaijina prerokba: "Razodel sem se tistim, ki niso spraševali o meni; tisti, ki so me našli, me niso iskali."

Marija gre v Kerch, k materi. Po nekaj časa mati umre, Marija postane pristaniška prostitutka. Ko je lačna, spet sreča Dan, on ji da nečisti kruh. Marija ga plača s svojo ljubeznijo. Antikrist gre dalje; zemlja in ljudje zaradi laganja Gospodu so usojeni za drugo kazen - meč. Marija, obsojena zaradi prostitucije in nadomeščanja, rodi sina Danja v zaporu iz Dana. Leta 1936 umre.

Drugi del se začne z razpravo o Gospodovem posnemanju - instinktivno ali skozi um. Avtor zagovarja idejo, da Judje niso nič boljši in nič slabši ljudje; vendar je to ljudstvo izjemno zaradi svojih prerokov, ki so znali poslušati Gospoda. V "Prispodobi o agoniji hudobnih" je deklica Annuška. Živi v Rževih z mamo in dvema bratoma; eden od njih umre po krivdi njegove sestre. Ko pridejo tatovi do Annuške; med preiskavo dekle pokaže na nedolžnega moškega - pošlje ga v zapor. Matere dobijo novo stanovanje. Ko Dan, Antikrist pride v Annuško. Ob pregledu stenov na stenah (Annushka živi v nekdanji cerkvi - zaradi ozadja na steni se pojavi Kristusov obraz) razmišlja o dejstvu, da so cerkovniki Kristusa zamenjali z idolom, ki ga je pospravil aleksandrijski menih; zdaj je spomladi 1941 tega meniha zamenjal "spremljevalec asirske kopeli" - Stalin. Nad kočo Ržev je antikrist videl meč - Gospodove besede so se uresničile: "Gorje mestu krvi, in ogenj bom velik." Začne se vojna. Mati Annuška umira; deklica odide v sirotišnico. Annuška, ki ji je med okupacijo uspelo komunicirati z Nemci, se je naučila sovražiti Jude. Sirotiška punčka Shulamith jo moti. Ker je Ženeva med evakuacijo prišla do dobre posvojiteljice, Annuška obvesti Nemce, da je Sulamith ne-ruska. Židan je ubit, Annushka je poslana v Nemčijo, da dela. Pred odhodom Dan pride na vlak in prosi deklico, naj si v Nemčiji glasno prebere list papirja, ki ji ga da. Antikrist mora preklinjati Nemce, kot je Gospod nekoč preklinjal Babilon skozi Jeremijo. Prerok sam ne more vstopiti v zlobno deželo.

Ena od žensk, ki so jo ukradli skupaj z Annuško, prosi Dana, naj vzame svojega otroka, deklico Pelagejo. Nemci, ki so opazili Žida, ga poskušajo ubiti, a Antikrista je nemogoče ubiti.

Annushka izpolni Danijevo naročilo - preklet je zlobna Nemčija, ki sovraži Boga in svoje ljubljene ljudi. Annushka sama kmalu umre zaradi vročine.

Ukrep "Prispodoba o prešuštvu", ki pripoveduje o tretji usmrtitvi - poželenju, se zgodi leta 1948. Družina Kolosov živi v boraškem Volga mestu - frontni vojak Andrei, njegova žena Vera ter dve hčerki, Tasya in Ustya. V bližini živi čudna judovska družina - Dan Yakovlevich in njegova hči Rufina, ki sta popolnoma drugačna od Židovke. Vera Koposova, katere odnos z možem je zelo zapleten (verjame, da je bila njegova žena med vojno do njega nezvest), ko se je srečala z Danom, se zaljubi vanj. Zavedajoč se, da ne more neposredno zapeljevati Žida, s seboj pripelje hčer Tasjo. Tudi ona se zaljubi v Dana, spoznata se. O teh datumih oče izve. Skupaj s prevarantom Pavlovom poskušajo umoriti antikrista, a to ni mogoče. Faith pride k Danu in ji ponudi priprošnjo v zameno za spanje pri njej. Antikrist, ljubeča hči, je prisiljena preljube storiti s svojo mamo. Rufina se je po naključju izkazala kot priča njunemu srečanju, Tasia pa vse vidi in govori o grehu matere do očeta. Najprej poskuša ubiti ženo, nato pa tisti dan umre od žalosti. Rufina medtem beži v gozd; tam jo je skoraj posilil laskavi antisemit Pavlov; deklico reši le pojav dveh kapnikov. Po izkušnji Ruth spozna, da je prerokba, in se pomiri s svojim očetom, prekletstvo, očiščeno iz svojega greha.

Četrti del, katerega osnova je "Primerljivka o bolezni duha", govori o preganjanju Judov v zgodnjih petdesetih letih. Pred prispodobo je uvod - avtorjev razmislek o ruskem antisemitizmu. Bog za to duhovno bolezen pošlje četrto kazen - bolezen, kugo.

Dva otroka, Nina in Miša, iz mesta Vitebska, prihajata v Moskvo k družini Ivolgin, ki jo sestavljajo judovski umetniški kritik, njegova ruska žena Klaudij in njun sin Savely. So Claudiusovi nečaki nečaki; njihovi starši so bili aretirani obtoženi beloruskega nacionalizma. Orioli, ljudje, ki se bojijo vsega in ki na vsak način skrivajo svojo judovskost, zapuščajo svoje otroke. Družino Ivolgin sta molče opazovala dva njuna stanovalska soseda - judovski hišnik Dan Yakovlevich in njegova hči. V državi v tem času obstajajo množična razodetja judovskih svetovljanov. Kmalu je bil aretiran tudi strahopetni Ivolgin, ki se je poskušal zaščititi pred aretacijo s sodelovanjem v pregonu svojih ljudi. Na prvem zasliševanju ga preiskovalec ubije.

Po letu 1953 ima ovdovela Claudia novega občudovalca - starca Ilovaiskega, razumnega antisemita. Z Danom se je dolgo pogovarjal o ruskem krščanstvu. Kot primer, stari mož razbije skodelico: cel, je preprost; zlomljen, postane zapleten. Dan, antikrist, meni, da je Ilovaiskega nemogoče trditi - krščanstvo je v grških in srednjeveških interpretacijah preveč izkrivljeno. Beseda, ki sta jo govorila Evangelij po Janezu in Ilovajskem, pravzaprav samo degradira pomen.

Predgovor k petemu delu - "Prispodoba o polomljenem kelihu" - je avtorjev diskurz o odnosu med judovstvom in krščanstvom. Junaki petega dela so otroci Antikrista od različnih mater: Andrej Koposov, sin Vere, Vasilij Korobkov, sin Marije, in Pelageya-Ruth, prerokba, posvojena hči Dan. Vasily, Andrei in Savely Ivolgin študirajo na Literarnem inštitutu. Andrej sam pride do Biblije in razume njen pomen - nasprotje krščanske. Nekoč se mladi zbližajo na modni reviji v galeriji Tretyakov; Pelagia prepozna v militantnem antisemitu Vasilija, sina svojega očeta. Preklinja "Judje", naredi škandal. Ko se je prepričal v svoji podobnosti s svojim očetom, "Judom", se Vasilij obesi.

Andreja obišče njegova mama Vera Koposova. Pove mu, da je Danin sin. Andrei, "dobro seme", spozna svojega očeta; zbrana družina tiho praznuje judovski verski praznik.

Ker je Savely na pol nori od neusmiljenega poželenja, v alkemični bučki ustvari dva "filozofska moža". V pogovorih z njimi se nauči odgovorov na najpomembnejša vprašanja - o poteh do Boga, o resnici, dobru in zlu, o razumni upravičenosti vere v Boga. Končno pade v norost in odpeljali so ga v duševno bolnišnico.

Pelagia, ki živi devica, meni, da je napočil čas, da postane ženska. Po zgledu Lotovih hčera zapeljuje svojega očeta Antikrista. Čuti, da se Gospodov načrt uresničuje, jo posili v pijanem stanju. Prerokinja Pelagija si je sina zamislila iz antikrista. Kdor je na zemlji storil vse, kar mu je bilo namenjeno. Pred smrtjo pouči svojega sina Andreja, ki gre k Bogu na najtežji način - skozi um, skozi dvom.

Sin Pelagija in antikrist, tudi Dan, posluša, ko mu mati bere govore preroka Devteronomije, še preden je Kristus izrazil iste ideje.

Andrei, Pelagia s sinom in Saveliy, ozdravljen, odideta iz mesta v gozd. Če pogledamo ostro zimsko naravo, razumejo bistvo antagonizma Kristusa in antikrista: prvi je zaščitnik grešnikov in preganjalcev, drugi pokroviteljstvom žrtev preganjanja. Bliža se preganjanje, peta najhujša usmrtitev je žeja po Gospodovi besedi, od katere Kristus ne bo rešil.