V hišo premožne veverice Alverty, kjer živi s sestro Bridget, vržejo otroka. Squire, ki je pred nekaj leti izgubil ženo in otroke, se odloči, da bo vzgojil otroka kot lastnega sina. Kmalu mu uspe najti mamo ustanovitelja, ubogo vaško žensko Jenny Jones. Olverti se od nje ne uspe naučiti imena dečkovega očeta, a ker se Jenny pokaje od svojega dejanja, zadeva ne prenese zadeve na sodišče, ampak samo izžene Jenny iz svojih domačih krajev, saj ji je predhodno posojala velik znesek. Alverti nadaljuje z iskanjem očeta otroka. Njegov sum pade na vaškega učitelja Partridgea, od katerega je Jenny dolgo časa opravljala lekcije latinščine. Na vztrajanje Olvertyja se zadeva predloži sodišču. Žena učitelja, ki je bila že dolgo ljubosumna nanj zaradi Jenny, obtožuje svojega moža za vse smrtne grehe in nihče ne dvomi, da je učitelj oče fanta. Čeprav Partridge sam zanika svojo povezavo z Jenny, ga spoznajo za krivega, Alverty pa ga izžene iz vasi.
Squirerova sestra, Bridget, se poroči s stotnikom Blytheom in imata sina. Tom Jones, mladič, ki je osvojil ljubezen do Alvertyja, je vzgojen z mladim Blyfiljem, toda pohlepni in zavistni kapitan, ki se boji, da bo Alvertyjeva sreča šla na mladiča, ga sovraži in skuša na kakršen koli način diskreditirati fanta v očeh njegovega imenovanega očeta. Po nekaj časa kapitan nenadoma umre, Bridget pa postane vdova. Od zgodnje mladosti se Tom ne razlikuje po vzornem vedenju. Za razliko od Blyfila - onstran svojih zadržanosti, pobožnosti in prizadevnosti - Tom v študiji ne pokaže gorečnosti in njegova zabloda nenehno moti Alverty in Bridget. Kljub temu vsi v hiši ljubijo mladega človeka zaradi njegove prijaznosti in odzivnosti. Blyfil nikoli ne sodeluje v Tominih igrah, vendar obsoja njegove trike in ne zamudi priložnosti, da bi se prijavil zaradi neprimerne zabave. Toda Tom se nikoli ne jezi nanj in Blyfil iskreno ljubi kot brata.
Tom je že od otroštva prijateljeval s Sophio, hčerko soseda Alvertyja, bogatega zahodnega veverca. Te porabijo veliko časa skupaj in postali neločljivi prijatelji.
Za vzgojo mladeničev Alverti v hišo povabi teologa Twacoma in filozofa Squire, ki svojim učencem predstavljata eno zahtevo: neumno se morajo potegovati za pouk in ne imeti svojega mnenja. Blyfil že od prvih dni pridobi njihovo naklonjenost, saj natančno zapomni vsa njihova navodila. Toda Toma ne zanima ponovitev skupnih resnic po arogantnih in arogantnih vaditeljih, zato najde druge dejavnosti zase.
Tom preživi ves svoj prosti čas v hiši beraškega čuvaja, katerega družina umira od lakote. Mladenič, kolikor je mogoče, poskuša pomagati nesrečnim in jim daje ves svoj žepni denar. Ko je izvedel, da je Tom prodal svojo Biblijo in konja, ki mu ga je podaril Alverty, in je denar dal družini čuvajev, sta Blyfil in oba učitelja v jezi besnila, saj je njegovo dejanje vredno oprijeti, medtem ko se Alvertyja dotakne prijaznosti njegove ljubljene. Obstaja še en razlog, zaradi katerega Tom preživi toliko časa z čuvajevo družino: zaljubljen je v Molly, eno od hčerk. Brezskrbno in neusmiljeno dekle takoj sprejme njegovo udvaranje in kmalu njena družina izve, da je Molly noseča. To sporočilo se takoj distribuira po vsej županiji. Sophia Western, ki že dolgo ljubi Toma, je obupana. On, navajen, da je v njej videl samo dekle njegovih otroških iger, šele zdaj opaža, kako je cvetela. Neznan zase se Tom vse bolj navezuje na dekle in sčasoma se ta navezanost razvije v ljubezen. Tom je globoko nesrečen, ker spozna, da se mora zdaj poročiti z Molly. Vendar se stvari zgodijo nepričakovano: Tom ujame Molly v naročje svoje učiteljice, filozofa Squireja. Čez nekaj časa Tom izve, da Molly sploh ni noseča od njega, zato meni, da ni svobodna nobenih obveznosti do nje.
Medtem je Squire Alverty hudo bolan. Občutek, da se bliža konec, daje zadnja naročila glede dedovanja. Samo Tom, ki strastno ljubi svojega poimenovanega očeta, je nepopustljiv, medtem ko vsi ostali, tudi Blyfil, skrbijo le za svoj delež pri dedovanju. V hišo pride glasnik in prinese sporočilo, da je Bridget Alverti, ki je bila s posestva več dni odsotna, umrla nenadoma. Do večera istega dne veverica postane lažja in si očitno opomore. Tom je tako vesel, da tudi Bridgetova smrt ne more zasenčiti njegovega veselja. V želji, da bi proslavili ozdravitev imenovanega očeta, se napije, kar povzroči obsojanje drugih.
Squire Western se želi poročiti s svojo hčerko Blyfil. To se mu zdi izjemno dobičkonosno, saj je Blyfil naslednik večine bogastva Alvertyja. Ne zanima ga niti mnenje njegove hčere. Western se mudi, da bi od Alvertija dobil soglasje za poroko. Poročni dan je že določen, a Sophia nepričakovano za očeta mu naznani, da ne bo nikoli postal Blyfiljeva žena. Jezen oče jo zaklene v sobo v upanju, da se bo premislila.
V tem času Blyfil, ki je Toma na skrivaj sovražil od otroštva, ker se je bal, da bo večina dediščine šla na mladiča, zahrbtni načrt dozoreva. Če ga zgostite, pripoveduje veveri o Tomovem vedenju na dan, ko je bila Alverty blizu smrti. Ker so bili vsi služabniki priča divji zabavi nagajivega Toma, Blyfil uspe prepričati veverico, da je Tom vesel njegove skorajšnje smrti in da bo kmalu postal lastnik velikega bogastva. Prepričana Blyfilu, jezna veverica Tima odžene iz hiše.
Tom piše Sofiji poslovilno pismo in se zaveda, da kljub svoji strastni ljubezni do nje, zdaj ko je obsojen na potepanja in beraško življenje, nima pravice računati na njeno lokacijo in jo prositi za roko. Tom zapusti posestvo in namerava oditi k mornarjem. Sophia, obupano prosita očeta, naj se ne poroči s sovraženim Blyfiljem, beži od doma.
V deželnem hotelu Tom slučajno sreča Partridgea, istega učitelja, ki ga je nekoč poslal Alverty iz svoje vasi, saj ga je smatral za očeta mladiča. Partridge prepriča mladeniča, da je trpel nedolžno, in prosi dovoljenje, da spremlja Toma na njegovih potepih.
Na poti v mesto Upton Tom reši iz rok posiljevalca žensko, neko gospo Waters. V mestnem hotelu ga gospa Waters, ki je čednega Toma takoj zavohala, zlahka zapelje.
V tem času se je Sophia, ki se je odpravila v London in upala, da bo našla zavetje s starim prijateljem njihove družine, prav tako ustavila v hotelu Epton in z veseljem vedela, da je Tom med gosti. Vendar, ko je slišal, da jo je prevaral, jezno dekle kot znak, da ve vse o vedenju njenega ljubimca, pusti rokav v njegovi sobi in pusti Uptona v solzah. Po istem srečanju je v istem hotelu bivala tudi sestrična Sofija, gospa Fitzpatrick, ki je pobegnila od svojega moža, negativca in lecherja. Sofijo povabi, naj se skupaj skrije pred svojimi zasledovalci. Pravzaprav takoj po pobegu ubežnikov v hotel prispejo jezni oče Sophia in gospod Fitzpatrick.
Zjutraj Tom spozna, zakaj ga Sophia ni hotela videti, in v obupu zapusti hotel, v upanju, da bo dohitela svojega ljubljenega in dobila odpuščanje.
Sophia v Londonu najde Lady Bellaston. Deklico prisrčno sprejme in, ko je zaslišala njeno žalostno zgodbo, ji obljubi pomoč.
Tom in Partridge bosta kmalu prispela tudi v London. Po dolgem iskanju Tomu uspe napasti sled svojega ljubimca, toda bratranec in lady Bellaston mu preprečita, da bi se srečal s Sophio. Lady Bellaston ima svoje razloge za to: kljub dejstvu, da je primerna za Tomovo mater, se strastno zaljubi vanj in poskuša mladega zapeljevati. Tom ugiba, kaj si gospa želi od njega, vendar kljub temu ne zavrne srečanja z njo in od nje celo sprejme denar in darila, saj nima druge izbire: prvič, upa, da bo izvedel, kje je Sophia, in drugič Nobenih sredstev za preživljanje nima. Vendar pa Tom v razmerju z Lady Bellaston uspe zadržati distanco. Nazadnje Tom slučajno sreča svojo ljubljeno, toda ona, ko je poslušala zagotovila večne ljubezni in zvestobe, Toma zavrača, ker mu ne more odpustiti izdajstva. Tom je v obupu.
V hiši, kjer Tom in Partridge najameta sobo, živi gospod Nightingale, s katerim je Tom takoj postal prijatelj. Nightingale in Nancy - hči svoje ljubice, gospa Miller, se ljubita. Tom od prijatelja izve, da je Nancy noseča od njega. Toda Nightingale se ne more poročiti z njo, saj se boji svojega očeta, ki je zanj našel bogato nevesto in želi, da bi ga vzela zaroto, vztraja pri takojšnji poroki. Nightingale uboga usodo in na skrivaj pobegne od gospe Miller, pri čemer Nancy pusti pismo, v katerem ji razloži razloge za izginotje. Tom od gospe Miller izve, da je njena Nancy, ki strastno ljubi Nightingale, ko je prejela njegovo poslovilno pismo, že poskušala spraviti v roke. Tom gre k očetu svojega neresnega prijatelja in mu naznani, da je že poročen z Nancy. Nightingale starejši se odpove neizogibnosti, gospa Miller in njena hči pa se naglo pripravita na poroko. Nancy in njena mama Toma od zdaj naprej smatrata za svojo rešiteljico.
Lady Bellaston, noro zaljubljena v Toma, od njega nenehno zahteva zmenke. Zavedajoč se, koliko ji dolguje. Tom je ne more zavrniti. Toda njeno nadlegovanje mu je kmalu postalo neznosno. Findling svojemu prijatelju ponudi spreten načrt: napisati ji mora pismo s ponudbo za poroko. Ker Lady Bellaston upošteva mnenje sveta in se ne upa poročiti z moškim, ki je pol njene starosti, bo Tomu prisiljena zavrniti, on pa bo s tem izkoristil pravico prekiniti vse odnose z njo. Načrt mu uspe, a jezna gospa se odloči, da se bo maščevala Tomu.
Sofijo, ki še vedno živi v svoji hiši, ureja bogati lord Fellamar. Ponudi ji ponudbo, a prejme zavrnitev. Zvita gospa Bellaston gospodu razloži, da je dekle zaljubljeno v revnega roparja; če se bo gospodar uspel rešiti svojega tekmeca, bo Sophino srce svobodno.
Tom obišče gospo Fitzpatrick in se z njo pogovori o Sofiji. Ko zapušča svojo hišo, naleti na njenega moža. Ogorčeni ljubosumni, ki je končno napadel sled ubežnika in ugotovil, kje živi, vzame mladega moškega za svojega ljubimca in ga žalji. Tom je prisiljen vleči svoj meč in sprejeti izziv. Ko Fitzpatrick pade, prebit s Tominim mečem, jih nenadoma obkroži skupina ducat dobrih ljudi. Zgrabijo Toma, mu predajo policaj, in gre v zapor. Izkazalo se je, da je Fellamar poslal več mornarjev in jim naročil, naj na ladjo najamejo Toma, ki jim je dal vedeti, da se ga hoče znebiti, oni pa so se, ko je Toma ujel med pretepom, ko je ranil nasprotnika, odločili, da bodo Toma samo predali policiji.
Sophinin oče, gospod Western, prihaja v London. Poišče hčerko in ji naznani, da bosta dekleta, dokler ne prideta Alverty in Blyfil, v hišnem priporu in čakala na poroko. Lady Bellaston, ki se je odločila maščevati Toma, pokaže Sofiji svoje pismo s ponudbo za poroko. Kmalu deklica izve, da je Tom obtožen umora in je v zaporu. Alverty prispe z nečakom in se ustavi pri gospe Miller. Olverti je njen dolgoletni dobrotnik, vedno je pomagal ubogi ženski, ko ji je umrl mož, ona pa je ostala brez sredstev z dvema majhnima otrokoma v naročju. Ko je izvedela, da je Tom posvojen sin veverice, ga gospa Miller pripoveduje o plemenitosti mladeniča. Toda Alverti še vedno verjame v kleveto in pohvale, ki so mu bile priložene, ga ne dotikajo.
Nightingale, gospa Miller in Partridge pogosto obiščejo Toma v zaporu. Kmalu je k njemu prišla ista gospa Waters, ki jo je pripeljala do prepira s Sophio. Potem ko je Tom odšel iz Eltona, je gospa Waters tam spoznala Fitzpatricka, postala njegova ljubica in odšla z njim. Od Fitzpatricka, ki se je naučila o njegovem nedavnem srečanju s Tomom, je hitela obiskati nesrečnega zapornika. Tom olajša, ko izve, da je Fitzpatrick varen in zdrav. Partridge, ki je tudi prišel na obisk k Tomu, mu pove, da je ženska, ki se imenuje gospa Waters, pravzaprav Jenny Jones, Tomova mama. Tom je zgrožen: grešil je z lastno mamo. Partridge, ki nikoli ni znal zapreti ust, o tem pove Alvertyju in takoj pokliče gospo Waters k sebi. Ko se je predstavila svojemu nekdanjemu gospodarju in se od njega naučila, da je Tom isti dojenček, ki ga je vrgla v hišo veveric, se Jenny končno odloči, da bo povedala Alvertiju vse, kar ve. Izkazalo se je, da niti ona niti Partridge ne sodelujeta pri rojstvu otroka. Timov oče je sin Alvertyjevega prijatelja, ki je nekoč eno leto živel v hiši ličarjev in umrl za okužami, njegova mati pa ni nič drugega kot sestra Veverice, Bridget. V strahu, da bi obsodila svojega brata, se je Bridget pred njim skrila, da je rodila otroka, in za velik honorar prepričala Jenny, da je fanta vrgla v njihovo hišo. Stari služabnik Alverty, ko je slišal, da se je veverica naučila vso resnico, lastniku prizna, da je Bridget na njeni smrtni postelji razkrila njeno skrivnost in je bratu napisala pismo, ki ga je izročil gospodu Blyfilu, saj je bila Alverty v tistem trenutku nezavestna. Šele zdaj Alverty ugiba o Blyfiljevi izdaji, ki je, želel izkoristiti stanje veverice, skrival od njega, da sta on in Tom brat. Alverty kmalu prejme pismo nekdanjega učitelja fanta, filozofa Squireja. V njem veveri pravi, da leži blizu smrti in meni, da je njegova dolžnost, da mu pove celotno resnico. Squire, ki Toma nikoli ni ljubil, se iskreno pokaje: vedel je, da Blyfil kleveta Toma, vendar je, namesto da bi izpostavil Blyfil, raje molčal. Alverti ugotovi, da je bil en Tom neustrezen, ko je švigalo med življenjem in smrtjo, razlog za tako neskromno veselje mladega človeka pa je ravno okrevanje njegovega imenovanega očeta.
Ko je izvedel vso resnico o svojem nečaku, se Alverti iskreno pokaje nad vsem, kar se je zgodilo, in preklinja nehvaležnega Blyfila. Ker Fitzpatrick ni obtožil Toma, ga izpuščajo iz zapora. Alverti se opravičuje Tomu, toda plemeniti Tom ne zapravlja ličarja za nič.
Nightingale pove Sofyi, da se Tom ne bo poročil z Lady Bellaston, ker je Tom, Nightingale pozval Toma, naj ji napiše pismo, ki ga je videla. Tom pride k Sofiji in jo spet prosi za roko. Squire Western, ki izve, da je Alverti namenil, da bo Toma naslednik, z veseljem poda soglasje k njuni poroki. Po poroki se zaljubljenci odpravijo na vas in srečno živijo stran od vrveža mesta.