V rokah bodočega prevajalca in založnika Opombe očeta Adsona iz Melka padejo v Prago leta 1968. Na naslovni strani francoske knjige iz sredine prejšnjega stoletja piše, da gre za aranžma iz latinskega besedila iz 17. stoletja, ki naj bi reproduciral rokopis ustvaril nemški menih ob koncu štirinajstega stoletja. Preiskave, izvedene proti avtorju francoskega prevoda, latinski izvirnik, pa tudi osebnost Adsona samega, ne prinašajo rezultatov. Zatem čudna knjiga (morda ponaredek, ki obstaja v enem samem izvodu) izgine iz založnikovega vidnega polja in doda še eno povezavo do nezanesljive verige parafrazov te srednjeveške zgodbe.
Benediktinski menih Adson se v svojih poznih letih spominja dogodkov, ki jim je bil priča in v katerih je sodeloval leta 1327. Politične in cerkvene razdelitve so šokirale Evropo. Cesar Louis se sooči s papežem Janezom XXII. Papež se hkrati bori proti monaškemu redu frančiškanov, v katerem je prevladovalo reformistično gibanje ne-posestnikov-spiritualistov, ki jih je papeška kurija močno preganjala. Frančiškani se združujejo s cesarjem in postanejo pomembna sila v politični igri.
V tem nemiru Adson, takrat še novomašnik, spremlja angleškega frančiškana Wilhelma iz Baskervilla na potovanju po mestih in največjih italijanskih samostanih. Wilhelm - mislec in teolog, preizkuševalec narave, znan po svojem močnem analitičnem umu, prijatelju Williama Ockhama in učencu Rogerja Bacona - izpolni nalogo cesarja, da pripravi in izvede predhodno srečanje med cesarsko delegacijo frančiškanov in predstavniki kurije. Wilhelm in Adson prispeta v opatijo, kjer naj bi potekala nekaj dni pred prihodom veleposlaništva. Sestanek naj bi bil v sporu o Kristusovi revščini in cerkvi; njen namen je ugotoviti stališča strank in možnost prihodnjega obiska frančiškanskega generala na papeškem prestolu v Avignonu.
Preden vstopi v samostan, Wilhelm preseneti menihi, ki so se odpravili v iskanju pobeglega konja, z natančnimi deduktivnimi sklepi. In opat opat se je takoj obrnil nanj s prošnjo, naj opravi preiskavo o čudni smrti, ki se je zgodila v samostanu. Truplo mladega meniha Adelma so našli na dnu pečine, morda so ga vrgli iz stolpa nad prepadom visoke zgradbe, imenovane Khramina tukaj. Opat namiguje, da pozna resnične okoliščine smrti Adelme, a ga veže skrivno izpoved, zato je treba resnico slišati z drugih, netesnjenih ustnic.
Wilhelm dobi dovoljenje za zaslišanje vseh menihov brez izjeme in za pregled vseh prostorov samostana, razen znamenite samostanske knjižnice. Največja v krščanskem svetu, ki se lahko primerja s pol legendarnimi knjižnicami nevernikov, se nahaja v zgornjem nadstropju templja; do nje imajo dostop le knjižničar in njegov pomočnik, le poznata načrt shrambe, zgrajen kot labirint, in sistem za urejanje knjig na policah. Ostali menihi: prepisovalci, kategorije, prevajalci, ki pritekajo tu iz vse Evrope, delajo s knjigami v sobi za prepisovanje - skriptorij. Knjižničar sam odloča, kdaj in kako knjigo posredovati tistemu, ki jo je zahteval, in ali jo bo sploh posredoval, saj obstaja veliko poganskih in heretičnih del. V scenariju se William in Adson seznanjata z knjižničarjem Malachijem, njegovim pomočnikom Berengarjem, grškim prevajalcem, Aristotelovim pristašem Venantiusom in mladim retorikom Benziusom. Pokojna Adelme, spretna risarka, je krasila rokopisna polja s fantastičnimi miniaturami. Takoj, ko se menihi smejijo in jih gledajo, se v skriptoriju pojavi slepi brat Jorge s prigovarjanjem, da sta smeh in samostojno govorjenje v samostanu nespodobna. Ta mož, slaven leta, pravičnost in učenost, živi s senzacijo začetka novejšega časa in v pričakovanju skorajšnjega nastopa antikrista. V pregledu opatije Wilhelm ugotavlja, da Adelm najverjetneje ni bil ubit, ampak je storil samomor s hitenjem s samostanskega obzidja, truplo pa je bilo pozneje plaz pod templjem.
Toda iste noči so odkrili truplo Venancija v sodu sveže krvi zaklanih prašičev. Wilhelm, ki preučuje gosenice, ugotovi, da so ubili meniha nekje drugje, najverjetneje na Khraminu, in ga vrgli v sod že mrtvega. Toda na telesu medtem ni nobenih ran, nobenih poškodb ali sledi boja.
Ko je opazil, da je Benticij bolj navdušen kot drugi in se ga je Berengar odkrito bal, je Wilhelm oba zaslišal takoj. Berengar priznava, da je Adelme videl v noči na smrt: obraz pripravljavca je bil podoben obrazu mrtvega človeka, Adelme pa je dejal, da je preklet in obsojen na večne muke, kar je šokantnemu spremljevalcu opisal zelo prepričljivo. Bentsius poroča tudi, da je dva dni pred Adelmejevo smrtjo v scenariju potekal spor o dopustnosti smešnih pri upodobitvi božanskega in da so svete resnice bolje predstavljene v grobih telesih kot v plemenitih. V vročini prepirov je Berengar nehote pustil, čeprav zelo nejasno, o nečem skrbno skritem v knjižnici. Omemba tega je bila povezana z besedo "Afrika" in v katalogu je med znaki, ki jih razume le knjižničar, Benzius videl vizum za "afriško mejo", ko pa se je zanimal, je zaprosil za knjigo s tem vizumom, Malachi pa je dejal, da so vse te knjige izgubljene. Bentsiy govori tudi o tem, čemur je bil priča, po Berengarju po sporu. Wilhelm prejme potrditev Adelmove različice samomora: očitno je v zameno za neko službo, ki bi lahko bila povezana z Berengarjevo zmožnostjo asistentke knjižničarja, slednji prepričal pripravljavca v sodomski greh, resnost katerega Adelm ni mogel prenesti in hitel priznati slepega Jorgeja, ampak namesto tega prejel grozljivo obljubo skorajšnje in grozne kazni. Zavest lokalnih menihov je na eni strani preveč navdušena nad bolečo željo po knjižnem znanju, na drugi strani nenehno grozljiv spomin na hudiča in pekel, zaradi česar pogosto dobesedno z lastnimi očmi vidijo nekaj, kar berejo ali slišijo. Adelme meni, da je že šel v pekel in se v obupu odloči poravnati račune z življenjem.
Wilhelm poskuša v skriptoriju pregledati rokopise in knjige na mizi Venantia. Toda najprej Jorge, potem pa Benzius, pod različnimi izgovori ga odvrnejo. Wilhelm prosi Malachija, naj nekoga postavi za mizo, in ponoči se z Adsonom vrne sem skozi odkrit podzemni prehod, ki ga uporablja knjižničar, potem ko zvečer zaklene vrata templja. Med venancijevimi papirji najdejo pergament z nejasnimi izvlečki in skrivnimi znaki, na mizi pa ni knjige, ki bi jo Wilhelm tu popoldne videl. Nekdo neprevidno sliši njegovo prisotnost v scenariju. Wilhelm hiti v zasledovanju in nenadoma knjiga pade iz ubežnika v luč svetilke, toda neznanec jo uspe prijeti pred Wilhelmom in se skrije.
Ponoči je knjižnica močnejša od gradov in prepoveduje stražarje. Mnogi menihi verjamejo, da v temi med knjigami plavajo grozna bitja in duše umrlih knjižničarjev. Wilhelm je do takšnih vraževernosti skeptičen in ne zamudi priložnosti za proučevanje trezorja, kjer Adson doživi učinke ukrivljenih ogledal in osvetlitev, prepojeno z vizualno impozantno kompozicijo. Labirint se izkaže za bolj zapleten, kot je Wilhelm pričakoval, in le po zaslugi priložnosti jim uspe najti pot. Od razburjenega opata izvedo za izginotje Berengarja.
Mrtvega knjižničarskega pomočnika najdemo šele dan kasneje v kopalnici, ki se nahaja ob samostanski bolnišnici. Zeliščar in zdravnik Severin opozarja Wilhelma na dejstvo, da so na Berengarjevih prstih sledi neke snovi. Zeliščar pravi, da je isto videl z Venantiusom, ko je telo opral iz krvi. Poleg tega je Berengarjev jezik postal črn - očitno je bil menih zastrupljen, preden je utonil v vodi. Severin pravi, da je nekoč imel izredno strupen napoj, katerega lastnosti sam ni poznal, nato pa je izginil v čudnih okoliščinah. Malachi, opat in Berengar so vedeli za strup. Medtem v samostan prihajajo veleposlaništva. Inkvizitor Bernard Guy prihaja s papeško delegacijo. Wilhelm osebnosti in svojih metod ne skriva svoje sovražnosti do njega. Bernard napoveduje, da bo od zdaj naprej preiskoval incidente v samostanu, iz katerega po njegovem mnenju močno diši po hudiču.
Wilhelm in Adson spet vstopata v knjižnico, da načrtujeta labirint. Izkaže se, da so shrambe označene s črkami, iz katerih so, če greste v določenem zaporedju, sestavljene pogojne besede in imena držav. Odkrita je bila tudi „meja Afrike“ - zamaskirana in tesno zaprta soba, a niso našli načina, da bi vstopili vanjo. Bernarda Guyja pridržali in obtožili zdravnika pomočnika čarovništva in vaškega dekleta, ki ga vodi ponoči, da razvaja poželenje svojega zavetnika po ostankih samostanskih jedi; Na predvečer jo je Adson spoznal in se ni mogel upreti skušnjavi. Zdaj je usoda deklice rešena - kot čarovnica bo šla na kol.
Bratska razprava med frančiškani in papeževimi predstavniki se spremeni v vulgarno prepir, med katero Severin obvesti Wilhelma, ki je ostal od boja, da je v svojem laboratoriju našel čudno knjigo. Slepi Jorge sliši njihov pogovor, Bentsius pa tudi ugiba, da je Severin odkril nekaj, kar je ostalo od Berengarja. Spor, ki se je nadaljeval po splošnem pacifikaciji, je prekinila novica, da so zeliščarko našli mrtvo v bolnišnici in morilca že ujeli.
Lobanjo zeliščarja je razbil kovinski nebesni globus, ki je stal na laboratorijski mizi. Wilhelm na Severininih prstih gleda na sled iste snovi kot Berengar in Venantius, a roke zeliščarja so pokrite z usnjenimi rokavicami, ki se uporabljajo pri delu z nevarnimi drogami. Na kraju zločina je bil ujet Kelar Remigius, ki se zaman skuša opravičiti in trdi, da je v bolnišnico prišel, ko je bil Severin že mrtev. Bentsiy pove Williamu, da je tukaj naletel na enega prvih, nato je sledil prihajajočim ljudem in bil prepričan: Malachi je že bil tu, čakal je v niši za baldahinom in se nato tiho pomešal z drugimi menihi. Wilhelm je prepričan, da velike knjige od tu nihče ne bi mogel tajno vzeti in če bi bil morilec Malachi, bi morala biti še vedno v laboratoriju. Wilhelm in Adson se motita pri iskanju, vendar izgubljata iz vidika, da so se včasih starodavni rokopisi prepletali v več zvezkih. Kot rezultat, knjiga med njimi ostane neopažena med drugimi, ki so pripadali Severinu, in sodi v bolj zvit Bentz.
Bernard Guy izvaja sojenje v kleti in ga, ko ga je obsodil, da je nekoč pripadal enemu od heretičnih gibanj, prisili, da sprejme krivdo za umore v opatiji. Inkvizitorja ne zanima, kdo je pravzaprav ubil menihe, ampak skuša dokazati, da je nekdanji heretik, ki je zdaj razglašen za morilca, delil stališča frančiškanskih duhovnikov. To vam omogoča, da motite sestanek, kar je bil očitno namen, zaradi katerega ga je papež poslal sem.
Na zahtevo Williama, naj knjigo podari, Bentziy odgovarja, da jo je, tudi ne da bi začel brati, vrnil Malachiju, od katerega je dobil ponudbo, da zasede prosto mesto pomožnega knjižničarja. Nekaj ur kasneje med cerkvenim bogoslužjem Malachi umre v konvulzijah, jezik mu je črn in prsti že poznajo Wilhelma.
Opat sporoči Williamu, da frančiškan ni izpolnil svojih pričakovanj in naslednje jutro morata z Adsonom zapustiti samostan. Wilhelm ugovarja, da že dlje časa ve o menihovih prevarah, med katerimi je opat smatral za vzrok zločinov. Vendar to ni pravi razlog: tisti, ki vedo za obstoj „afriške meje“ v knjižnici, umirajo. Opat ne more skriti, da so ga Williamove besede pripeljale do neke vrste domneve, vendar še bolj vztrajno vztraja pri odhodu Angleža; Zdaj namerava stvari vzeti v svoje roke in na lastno odgovornost.
Toda William se ne bo umaknil, saj je prišel blizu rešitve. Adsonu v naključnem pozivu uspe prebrati ključ v kriptografiji Venantiusa, ki razkriva "mejo Afrike." Šesta noč bivanja v opatiji vstopijo v tajno sobo knjižnice. Slepi Jorge jih čaka v notranjosti.
William ga je nameraval spoznati tukaj. Opuščanje menihov, vpisi v knjižnični katalog in nekatera dejstva so mu omogočila, da je ugotovil, da je bil Jorge nekoč knjižničar, in ko je čutil, da gre slepo, je najprej učil svojega prvega naslednika, nato Malachija. Niti eden niti drugi ne bi mogel delati brez njegove pomoči in ne bi naredil koraka, ne da bi ga vprašal. Opat je bil odvisen tudi od njega, saj je z njegovo pomočjo dobil mesto. Štirideset let je slepi mož suveren mojster samostana. In verjel je, da bi morali nekateri rokopisi knjižnice za vedno ostati skriti pred očmi nikogar. Ko je zaradi krivde Berengar eden od njih - morda najpomembnejši - zapustil te stene, se je Jorge potrudil, da jo je vrnil nazaj. Ta knjiga je drugi del Aristotelove Poetike, ki velja za izgubljeno in namenjeno smehu in smehu v umetnosti, retoriki, spretnosti prepričevanja. Da bi svoj obstoj ohranil v skrivnosti, se Jorge ne obotavlja storiti zločina, saj je prepričan, da če se smeh posveti avtoriteta Aristotela, se bo porušila celotna ustaljena srednjeveška hierarhija vrednot, kultura, ki se goji v samostanih, oddaljenih od sveta, kultura izvoljenih in posvečenih pometena po mestu, navadni, areal.
Jorge priznava, da je razumel že od samega začetka: William bo slej ko prej odkril resnico in opazoval, kako se Anglež približuje korak za korakom. Williamu izroči knjigo, da bi želel videti, katere pet ljudi je že plačalo z življenjem, in ponuja branje. Toda frančiškan pravi, da je razvozlal svoj hudičev trik in obnovil potek dogodkov. Pred mnogimi leti, ko je nekdo v scenariju pokazal zanimanje za "afriško mejo", je še vedno vidni Jorge ugrabil strup iz Severina, a ga takoj ni pustil v posel. Ko pa se je Berengar, nehote pred Adelme, nekoč nezadržno obnašal, se že slepi starec dvigne navzgor in namoči strani knjige s strupom. Adelme, ki je pristala na sramotni greh, da bi se dotaknila skrivnosti, podatkov, pridobljenih s tako ceno, ni uporabila, ampak, ki jih je ob spovedi z Jorgejem zajela smrtna groza, pripoveduje Benetke o vsem. Venantius pride do knjige, toda za ločitev mehkih pergamentnih listov mora vlažiti prste na jeziku. Umre, preden lahko zapusti tempelj. Berengar najde truplo in, prestrašen, da bo preiskava neizogibno razkrila, kaj je bilo med njim in Adelmom, truplo prenesli v sod s krvjo. Vendar se je tudi on zanimal za knjigo, ki jo je v scenariju vzel iz rok Williama. Prinese jo v bolnišnico, kjer ponoči lahko brez strahu bere, da ga bo kdo opazil. In ko strup začne delovati, se v zaman vrti v kopalnico v upanju, da bo voda odnesla plamen in ga požrla od znotraj. Tako gre knjiga Severin.Poslano Jorgeju Malachiju ubi zeliščarja, vendar sam umre, da bi želel izvedeti, kaj je v temi prepovedano, zaradi česar je bil narejen morilec. Zadnji v tej vrsti je opat. Po pogovoru z Williamom je od Jorgeja zahteval pojasnilo: poleg tega je zahteval odpiranje "meje Afrike" in ukinitev tajnosti, ki so jo v knjižnici ustanovili slepi mož in njegovi predhodniki. Zdaj se zaduši v kamniti vrečki drugega podzemnega prehoda do knjižnice, kjer jo je zaklenil Jorge, nato pa razbil mehanizme za nadzor vrat.
"Torej so umrli zaman zamerili," pravi Wilhelm: knjigo so zdaj našli, vendar se je uspel zaščititi pred strupom Jorgeja. Toda v izpolnitvi svojega načrta je starejši pripravljen sam sprejeti smrt. Jorge raztrga knjigo in poje zastrupljene strani, in ko jo Wilhelm poskuša ustaviti, teče, neomajno usmerjen iz spomina knjižnice. Svetilka v rokah zasledovalcev jim še vedno daje nekaj prednosti. Vendar prehitenemu slepemu uspe odvzeti svetilko in jo vreči vstran. Iz razlitega olja se začne ogenj; Wilhelm in Adson hitita za vodo, vendar se vrneta prepozno. Prizadevanja celotne bratovščine, vzbujena z alarmom, ne vodijo v nič; iz templja izbruhne požar in se iz templja razširi najprej v cerkev, nato na ostale zgradbe.
Pred Adsonovimi očmi se najbogatejši samostan spremeni v pepel. Opatija gori tri dni. Konec tretjega dne so menihi, ko so zbrali le malo, kar je bilo mogoče rešiti, puščali ruševine kajenja kot kraj, ki ga je Bog preklinjal.