V delu - dve zgodbi, od katerih se vsaka razvija neodvisno. Akcija se odvija v Moskvi več majskih dni (dnevi pomladne polne lune) v 30. letih. XX. Stoletja, se dogaja tudi druga akcija maja, vendar v mestu Yershalaim (Jeruzalem) pred skoraj dva tisoč leti - na samem začetku nove dobe. Novela je zgrajena tako, da so poglavja glavne zgodbe prepletena s poglavji, ki sestavljajo drugo zgodbo, in ta vstavitvena poglavja so bodisi poglavja iz mojstrskega romana, bodisi zgodba očividca dogodkov na Wolandu.
V enem najbolj vročih prvomajskih dni v Moskvi se pojavi nekdo Woland, ki se predstavlja kot specialist črne magije, v resnici pa je Satan. Spremlja ga čudna bega: simpatična čarovnica-vampirka Gella, predrzen tip Koroviev, znan tudi kot fagot, mračen in zloglasni Azazello in smešni debeli debeli Behemoth, ki se večinoma pojavlja pred bralcem pod pretvezo črne mačke neverjetne velikosti.
Prvi, ki so Wolanda srečali na Patriarhovih ribnikih, sta urednik debele umetniške revije Mihail Aleksandrovič Berlioz in pesnik Ivan Bezdomny, ki sta napisala protireligijsko pesem o Jezusu Kristusu. Woland se vmeša v njihov pogovor in trdi, da je Kristus resnično obstajal. Kot dokaz, da obstaja nekaj, kar je zunaj človeškega nadzora, Woland napoveduje, da bo ruskemu komsomolskemu dekletu odsekal glavo Berlioza. Pred očmi šokiranega Ivana Berlioz takoj pade pod tramvaj, ki ga nadzira komsolsko dekle, in odsekana mu je glava. Ivan neuspešno poskuša preganjati Wolanda, nato pa, ko se je pojavil v Massolitu (Moskovskem literarnem združenju), tako zmedeno določi zaporedje dogodkov, da ga odpeljejo na izven mestno psihiatrično kliniko profesorja Stravinskega, kjer sreča glavnega junaka romana - mojstra.
Woland, ki prihaja v stanovanje številka 50 hiše 302 bis na Sadovi ulici, ki ga je pokojni Berlioz zasedel z gledališko režiserko Variete Stepan Likhodeev, in je slednjega našel v stanju hude mamljivosti, mu predstavlja pogodbo, ki jo je podpisal Likhodeev za predstavo Woland v gledališču, nato ga odpelje iz stanovanja, Styopa pa neopisljivo konča v Jalti.
Nikanor Ivanovič Bosoy, predsednik stanovanjskega partnerstva hiše št. 302 bis, je v stanovanju številka 50 in tam najde Korovjeva, ki prosi za najem tega stanovanja Wolandi, saj sta Berlioz umrla, Likhodeev pa v Jalti. Po dolgem prepričevanju se Nikanor Ivanovič strinja in od Korovieva prejme 400 evrov, ki jih skriva v prezračevanju, za nadomestilo, določeno s pogodbo. Istega dne so prišli k Nikanorju Ivanoviču z nalogom za prijetje zaradi shranjevanja valute, saj so se ti rubljev spremenile v dolarje. Omamljen Nikanor Ivanovič sodi v isto kliniko profesorja Stravinskega.
V tem času finančni direktor Variete Rimsky in upravitelj Varenukha neuspešno poskušata po telefonu najti izginulega Likhodeeva in se zgroženi, od njega prejemajo telegrame iz Jalte z eno prošnjo, da pošlje denar in potrdi svojo identiteto, saj ga je v Yalti zapuščal hipnotizer Woland. Ko se je odločil, da je to neumna šala Likodejeva, Rimsky, ko je zbral telegrame, pošlje Varenukha, da jih odpelje "kamor koli je treba", vendar Varenukha tega ne stori: Azazello in mačka Behemoth, ki ga zgrabi za roke, dostavi Varenukho v stanovanje št. 50 in iz poljuba. gola čarovnica Gella Varenukha je prikrajšana za občutke.
Zvečer se na odru gledališča Variete začne predstava s sodelovanjem velikega čarovnika Wolanda in njegovega zaledja. Fagot s strelom iz pištole povzroči denarni dež v gledališču in celotna dvorana ujame padajoče koščke zlata. Nato se na odru odpre "ženska trgovina", kjer se lahko vsaka ženska med temi, ki sedijo v dvorani, oblači brezplačno od glave do pet. Takoj je postavljena čakalna vrsta, vendar se na koncu predstave červoneti spremenijo v koščke papirja in vse, kar je kupljeno v "ženski trgovini", izgine brez sledu, zaradi česar se lahko v istem spodnjem perilu potikajo lahkomiselne ženske.
Po predstavi se Rimski odlepi v svoji pisarni, njemu pa se Gellin poljub spremeni v vampirja Varenukha. Videti, da ne meče sence, se Roman smrtno prestraši in poskuša pobegniti, toda vampirka Gella priskoči na pomoč Varenukha. Z roko, pokrito s truplami, poskuša odpreti okenski vijak in Varenukha straži pred vrati. Medtem pa pride jutro, zasliši se prvi jok petelina in vampirji izginejo. Ne da bi izgubil minuto, je Rimski v taksiju takoj obarval sivo, hitel proti postaji in odšel z ekspresnim vlakom do Leningrada.
Medtem Ivan Bezdomny, ko se je srečal z Gospodarjem, mu pove, kako se je srečal s čudnim tujcem, ki je ubil Mišo Berlioza. Poveljnik Ivanu razloži, da se je srečal na patriarhih s Satanom, in pripoveduje Ivanu o sebi. Njegova ljubljena se je imenovala njegova ljubljena Margarita. Ker je bil po izobrazbi zgodovinar, je delal v enem od muzejev, ko je nenadoma nepričakovano osvojil ogromno vsoto - sto tisoč rubljev. Delo je zapustil v muzeju, najel dve sobi v kleti majhne hiše na enem od arbatskih pasov in začel pisati roman o Ponciju Pilatu. Romantika je bila skoraj končana, ko je po nesreči na ulici srečal Margarito in ljubezen sta oba takoj zajela. Margarita je bila poročena z vrednim moškim, živela je z njim v graščini na Arbatu, a ga ni ljubila. Vsak dan je prišla k gospodarju. Afera se je bližala koncu in bili so srečni. Nazadnje je bil roman dokončan in mojster ga je odnesel v revijo, a so ga tam zavrnili. Vendar je bil natisnjen odlomek iz romana in kmalu se je v časopisih pojavilo več uničujočih člankov o romanu, ki so jih podpisali kritiki Ariman, Latunski in Lavrovič. In potem je mojster začutil, da zboli. Neke noči je vrgel roman v pečico, toda bežana, prestrašena, je Margarita zgrabila zadnjo kup rjuh z ognja. Odšla je in vzela rokopis s seboj, da bi se poslovila od svojega moža in se zjutraj za vedno vrnila k ljubimcu, toda četrt ure po tem, ko je odšla, sta potrkala na okno - pripoveduje Ivanu svojo zgodbo, na tem mestu Mojster s šepurom spusti svoj glas - in zdaj nekaj mesecev pozneje, v zimski noči, ko je prišel domov, je našel svoje sobe zasedene in odšel v novo primestno kliniko, kjer živi že četrti mesec, brez imena ali priimka, le pacient iz sobe 118.
Margarita se zjutraj zbudi z občutkom, da se bo nekaj zgodilo. Obriše solze, gre čez rjuhe ogljen rokopis, pogleda fotografijo mojstra in se nato odpravi na sprehod po Aleksandrovem vrtu. Tu se Azazello usede k njej in jo obvesti, da jo na obisk povabi neki plemeniti tujek. Margarita sprejme vabilo, ker upa, da se bo vsaj nekaj naučila o Učitelju. Zvečer istega dne Margarita, slečena gola, podrgne telo s kremo, ki ji jo je dal Azazello, postane nevidna in leti skozi okno. Leteč mimo pisateljeve hiše, Margarita uredi ruto v stanovanju kritika Latunskega, ki je po njenem mnenju ubil mojstra. Nato se Margarita sreča z Azazello in jo pripelje do stanovanja št. 50, kjer spozna Wolanda in preostalo njegovo zavezo. Woland prosi Margarito, da je kraljica na njegovem balu. V zameno ji obljubi, da ji bo izpolnil željo.
Opolnoči se začne spomladanska krogla s polno luno - velika žoga pri Satani, v katero so prevaranti, strelci, zlorabe, morilci - zločinci vseh časov in narodov; moški so v repnih plaščih, ženske so gole. Gola Margarita več ur pozdravi goste in jim izpostavi roko in koleno za poljub. Končno je žoge konec in Woland vpraša Margarito, kaj hoče kot nagrado za to, da je gostiteljica žoge. In Margarita prosi, naj ji nemudoma vrne gospodarja. Naenkrat se pojavi mojster v oblačilih v bolnišnici in Margarita po pogovoru z njim prosi Wolanda, naj jih vrne v majhno hišo na Arbatu, kjer sta bila srečna.
Medtem se moskovska institucija začne zanimati za čudne dogodke, ki se dogajajo v mestu, in vsi se vrstijo v logično jasni celoti: skrivnostnega tujca Ivana Bezdomnyja, seje črne magije v Varietyju, dolarje Nikanorja Ivanoviča ter izginotje Rimskega in Likhodejeva. Postane jasno, da je vse to delo iste tolpe, ki jo vodi skrivnostni čarodej in vse sledi te bande vodijo do stanovanja številka 50.
Zdaj se obrnemo na drugo zgodbo romana. V palači Heroda Velikega je judovski prokurist Pontius Pilate zasliševal aretiranega Yeshua Ga-Nozrija, ki ga je shedrin obsodil na smrt zaradi žalitve Cezarjeve moči in ta kazen je poslana v odobritev Pilatu. Z zasliševanjem aretiranih Pilat razume, da pred njim ni ropar, ki je ljudstvo spodbudil k neposlušnosti, ampak potujoči filozof, ki pridiga kraljestvo resnice in pravičnosti. Vendar rimski tožilec ne more izpustiti človeka, ki je obtožen zločina nad Cezarjem, in potrdi smrtno obsodbo. Nato se obrne na visokega duhovnika judovskega Caifa, ki lahko v čast prihajajočih velikonočnih praznikov izpusti enega od štirih zločincev, obsojenih na smrt; Pilat prosi, da bi bil Ga-Nozri. Vendar ga Kaifa zavrne in izpusti roparja Var-Ravvana. Na vrhu Lysaye gore so trije križi, na katerih so križani obsojenci. Potem ko se je množica gledalcev, ki so spremljali povorko do kraja usmrtitve, vrnila v mesto, na Lysayi gori ostane le učenec Yeshua Levi Matvey, nekdanji davčni zbiratelj. Kapitelj zabija izmučene obsojence in nenadna naliv pade na goro.
Prokurist pokliče Afraniya, vodjo njegove tajne službe, in mu naroči, naj ubije Judo iz Kiriata, ki je od shedrina dobil denar, ker mu je dovolil aretirati Yeshua Ga-Nozrija v njegovi hiši. Kmalu se mlada ženska z imenom Niza domnevno sreča z Judo v mestu in mu določi zmenek zunaj mesta v Getsemanskem vrtu, kjer ga napadejo neznani ljudje, ga zabodel z nožem in mu odvzel denarnico z denarjem. Čez nekaj časa Afranius poroča Pilatu, da je bil Juda zaboden do smrti in v hišo visokega duhovnika je bilo posajeno vreča denarja - trideset tetradrahmov.
Pilata pripelje Levi Matvey, ki tožilcu pokaže pergament z Ga-Nozrijevimi pridigi. "Najresnejši vice je strahopetnost," bere tožilec.
Toda nazaj v Moskvo. Ob sončnem zahodu se na terasi ene od moskovskih stavb poslovimo od mesta Woland in njegovega zaledja. Nenadoma se pojavi Levi Matvey, ki ponudi Wolandu, da vzame mojstra k sebi in ga nagradi z mirom. "In zakaj ga ne vzamete k sebi?" - vpraša Woland. "Ni si zaslužil luči, zaslužil si je mir," odgovarja Levi Matvey. Čez nekaj časa Azazello pride k hiši k Margariti in gospodarju in prinese steklenico vina - darilo Wolanda. Po pitju vina mojster in Margarita padeta brez občutkov; v istem trenutku se začne nemir v hiši žalosti: bolnik je umrl iz sobe št. 118; in v tistem trenutku v dvorcu na Arbatu mlada ženska nenadoma bledi, se stisne za svoje srce, in pade na tla.
Čarobni črni konji odnesejo Wolanda, njegovo sled, Margarito in Mojster. "Vaš roman je bil prebran," pravi Woland gospodarju, "in rad bi vam pokazal svojega junaka." Približno dva tisoč let sedi na tem mestu in v sanjah vidi cestišče, osvetljeno z luno, in želi iti po njej in se pogovarjati s potujočim filozofom. Zdaj lahko roman zaključite z eno besedno zvezo. " "Prost!" Čaka te! " - zavpije gospodar in se čez črno brezno zasveti neizmerno mesto z vrtom, do katerega se razteza lunarna cesta, in tožilec hitro teče po tej cesti.
"Zbogom!" - kriči Woland; Margarita in gospodar gresta čez most čez potok, Margarita pa pravi: "Tu je tvoj večni dom, zvečer bodo k vam prišli tisti, ki jih imate radi, ponoči pa bom zaščitil vaš spanec."
In v Moskvi, potem ko jo je Woland zapustil, preiskava v zadevi kriminalnih tolp še dolgo traja, vendar ukrepi, sprejeti za ujetje, ne dajejo rezultatov. Izkušeni psihiatri sklepajo, da so bili člani tolpe hipnotizerji brez primere. Nekaj let mine, dogodki tistih prvomajskih dni se začnejo pozabljati, in le profesor Ivan Nikolajevič Ponyrev, nekdanji pesnik Brezdomci, se vsako leto, šele ko se pojavi pomladna praznična polna luna, pojavi na Patriarhovih ribnikih in sedi na isti klopi, kjer je prvič spoznal Wolanda, in nato pa se po sprehodu po Arbatu vrne domov in zagleda iste sanje, v katerih prihajata tako Margarita kot mojster, kot tudi Ješua Ga-Nozri in okrutni peti prokurist Judeje, kolesar Pontius Pilate.