V romanu so tri zgodbe: 1. - pripoved, ki je bila izvedena v imenu angela Agasfera, čigar ime pomeni "Ljubljeni od Boga"; 2. - zgodba o življenjski poti Paulusa von Eicna, mlajšega sodobnika Martina Lutherja; 3. - dopisovanje med profesorjem Siegfriedom Byfusom, direktorjem Inštituta za znanstveni ateizem v vzhodnem Berlinu (GDR), in profesorjem Johanaanom Leuchtentragerjem z hebrejske univerze v Jeruzalemu.
Nesmrtni duhovi Agasfer in Lucifer, ki jih je Bog ustvaril prvi dan, so vrženi iz nebes, ker se nočejo prikloniti Adamu, ki je bil ustvarjen pred njihovimi očmi iz prahu in štirih elementov. Njihove poti se razlikujejo, saj Agasfer za razliko od Luciferja, ki hrepeni po popolnem uničenju vsega ustvarjenega, upa, da se bo svet lahko spremenil. Od zdaj je do obsodbe obsojen na zemljo.
Agasfer poskuša prepričati Rebe Ješujo, ki verjame, da je Božji Sin, ki je zaslužil ljubezen in uslugo Očeta, da Bog, Stvarnik vesolja, ni Bog ljubezni. Če je Ješua resnično Božji Sin, potem mora spremeniti ta svet, poln krutosti in ne pravičnosti. Toda Yeshua se noče boriti z Bogom in ustanoviti svojega kraljestva na zemlji: prepričan je, da je ljubezen močnejša od meča, pripravljen je postati žrtvovan, obsojen na zakol in prevzeti nase grehe sveta.
Agasfer ve vse, kar Ješua pričakuje: izdajo Jude, sodbo, križanje, smrt in vstajenje, po katerem se bo povzpel k Bogu. Toda to, kot Agasfer zagotovo ve, ne bo spremenilo ničesar tako pametno urejenega sveta. Agasferus sreča Luciferja, ki ga, ki igra na pohlep Juda Iscariota, navdihne, da bi izdal svojega učitelja, če hoče, da ga Juda izda. Agasfer očita Yeshuu za pasivnost in napoveduje, da se bodo nauki po njegovi smrti sprevrgli in v imenu ljubezni delal krutost in krivico. Zadnjič, ko Agasfer prepriča Yeshuaja, da postane vodja in kralj Izraela, ko nosi križ na Kalvariji in si želi počivati pri vratih Agasferjeve hiše. Agasfer skriva Božji ognjeni meč pod obleko, pripravljen ga je dvigniti zaradi trpečega in raztrestiti sovražnike, vendar želi popolnoma popiti skodelico, ki mu jo je dal Oče. Agasfer, ogorčen zaradi svoje trdoživosti, odganja Ješuaja in ga preklinja, rekoč, da bo moral zdaj, Agasfer, počakati na vrnitev Sina Čovekovega.
Lucifer prepriča Agasfera, naj gre k Ješui in ga vpraša, kaj je dosegel tako, da je prevzel nase svetovne grehe, saj se svet po njegovem mučeništvu ni izboljšal. Agasfer krši nebeški mir Čovekovega Sina in ga poziva k obračunu, vendar še vedno trdi, da je resnica v Bogu, čeprav Agasfer vidi, da se njegova vera v očetovo modrost in pravičnost pretresa.
Agasfer in Ješua sta krenila v iskanje Boga. Sprehodijo se po prostranosti Šola in srečajo starodavnega starejšega, ki v pesek napiše črke Knjige življenja in veter jih takoj odpihne. Ta stari človek je Bog. Dolgo je bil razočaran v svojem Stvarstvu: živi v skladu s svojimi zakoni in v tem grozljivem svetu, ki je postal neprepoznaven celo za njega, njegovega Stvarnika, ni mogoče ničesar spremeniti. Sin človekov je ogorčen nad dejstvom, da ga je Oče poslal k križu, vnaprej ve, da bo zaman. Sin človekov gre v vojno na svete temelje in začne se Armageddon, zadnja bitka na zemlji. Štirje konjeniki, imenovani Ogenj, vojna, lakota in smrt, sledijo Sinu človeškemu, sledijo horde Goga in Magoga ter angeli brezna, ki so se šesti dan Stvarstva, skupaj z Luciferjem in Agasfero, spustili z neba, pred njimi pa je zver okoli sedem glav in deset rogov, katerih ime je Antikrist.
Lucifer in Agasfer opazujeta priprave na boj. Zvezde padajo z neba, odpirajo se vodnjaki brezna, vsa zemlja gori, ljudje se skrivajo v jamah in gorskih soteskah, toda tudi smrt jih prehiti. Sin človekov s svojo vojsko prečka nebesa in se dviga višje v iskanju novega Jeruzalema, zgrajenega iz jaspisa in čistega zlata, vendar ga nikjer ni mogoče najti. Ko se njegova vojska začne mrmrati. Sin človekov izjavlja, da je bil Bog poražen in pobegnil, in od zdaj je On, Sin človekov, postal Bog in ustvaril bo novo nebo in novo zemljo, kraljestvo ljubezni in pravičnosti, kjer človek človeku ne bo sovražnik. Toda vsi se smejijo naivnim besedam Sina Čovekovega: štirje konjeniki, Gogi in Magogi ter vseh sedem glav Antikrista. Sliši se peklenski smeh Luciferja in pojavlja se isti starček, ki je napisal Knjigo življenja. Sin človekov ga skuša ubiti z mečem, toda starejši mu reče, da je Sin podoben Očetu in je neločljiv od Njega. Starejši postane tako velik, da vse, kar se lahko prilega njegovi desni roki in izgovori Njegovo ime, skrivno božje ime. V očeh Agasfere, ki opazuje ta prizor, vse izgine: med okoliško praznino - le lik Rebe Ješue, slabe in izčrpane. Agasfer zasliši oddaljeni smeh: to je vse, kar je ostalo od Luciferja, Gospoda brezna in velikega borca za red. Agasfer in Yeshu "padeta v prepad, ki je hkrati prostor in čas in ni niti vrha niti dna, le tokovi delcev - še ne ločeni svetloba in tema. Agasfer in Sin človekov se združita v ljubezni in postaneta eno, in ker Bog je eno s svojim Sinom, potem Agasfer postane eno z Njim: "eno bitje, ena velika misel, eno sanje".
Studiosus Paulus von Eicen, ki potuje v Wittenberg na študij z Lutherjem in Melanchthonom, se seznani z nekim Hansom Leuchtentragerjem (pomen nemškega priimka Leuchtentrager je identičen pomenu imena Lucifer: nosi svetlobo, nosilec svetlobe), ki postane njegova stalna spremljevalka in dragocen nasvet Eicenovo celo življenje. Zahvaljujoč Hansovi pomoči, ki pozna vse skrivnosti magije in čarovništva; leni in kratkovidni, a ambiciozni Eicen uspešno opravi izpite, pridobi Lutherjevo zaupanje in podporo in postane župnik. Kariero naredi, ne da bi razmišljal, zakaj Hans skrbi zanjo in katere cilje si prizadeva. Skrivnostna figura Večnega Žida ali Agasfera, ki nenehno zapušča pohlepnega in voljčastega Eicen-a, gorečega antisemita, za katerega je krščanska religija le način, kako se spoprijeti s svojimi nasprotniki in doseči močan položaj v družbi, vedno znova stopi na življenjsko pot Eitsena.
Eicen uredi spor med kristjani in Judi ter povabi večnega Judja, Agasfera, da priča, da je bil Jezus pravi Mesija in Božji Sin. Tako Eicen upa, da bo Jude spreobrnil v pravo vero in postal znan po vsej Nemčiji. Toda Agasfer se samo norčuje v neumnost in versko hinavščino Eicen, zaradi česar ga je podvrgel krutemu mučenju. Agasfer, ki so ga pretepli gati, umre, Eitsen pa upa, da se je končno znebil nadležnega Žida. Veliko let mineva, vendar se Agasfer, tako mladosten in posmehljiv kot na prvem srečanju, spet pojavi pred ostarelim Eicenom. Skupaj z Leuchtentragerjem, ki ne skriva več, da je Lucifer, gospodar podzemlja, Agasfer, odvzame dušo Eicen, saj mu je prebral besede preroka Ezekiela in razkril zle pastirje.
Profesor na hebrejski univerzi Johanaan Leuchtentrager stopi v dopisovanje s Siegfriedom Weifusom in mu sporoči, da osebno pozna Agasferja, sodobnika Rebbe Yeshua, ali Jezusa Kristusa. Militantni ateist Byfus, ki ima položaj dialektičnega materializma, skuša Leuchtentragerju dokazati, da to ne more biti, a na koncu dopisovanja je tako fascinirana skrivnost Agasferja, da "pristojni organi" GDR, ki opazujejo dopisovanje obeh profesorjev, na koncu priporočijo Byfusa ne odgovarjajo na pisma Izraela: skrbi jih, da bo Leuchtentrager s prijateljem Agasferjem prišel v NDR in s tem prepričal marksističnega Byfusa o resničnem obstoju Večnega Žida, vendar pa nihče ne uspe preprečiti njihovega prihoda v NDR. 31. decembra 1981 so obiskali Byfusa na Inštitutu za znanstveni ateizem, nakar jih je povabil domov, kjer se je njegova družina v krogu številnih prijateljev pripravljala na praznovanje novega leta.
Byfus je z Agasferjem in Leuchtentragerjem zaprt v svoji pisarni in, kot pravi njegova žena kasneje, se dolgo prepirata z njima. Po polnoči je v steni Byfusove pisarne najdeno veliko luknjo z ogljičnimi robovi, toda niti on niti njegovi izraelski kolegi niso v sobi. Med preiskavo se izkaže, da izraelski državljani A. Agasfer in I. Leuchtentrager niso dobili vizumov, kontrolne točke pa niso registrirale vstopa in izstopa. Kasneje postane znano, da so se v noči z 31. decembra 1980 na 1. januar 1981 dežurni stražarski stolpi na mejnem prehodu na Friedrichstrasse v zraku pomerili tri neznane osebe. Ognjeni rep se je raztegnil za dva, tretjega pa sta nosila pod rokami. Kršitelji meje so preleteli mejo NDR, nakar so se dvignili in izginili iz vida. Toda "pristojni organi" so za to izvedeli veliko pozneje, saj so dežurni policisti obtoženi uživali alkohol in so prestajali kazen.