V hiši Ivana Petroviča Šujskega se v navzočnosti številnih duhovnikov in nekaj бояrov odločijo, da se ločita Fjodora Ioannoviča s carico, Godunovo sestro, zahvaljujoč kateremu naj bi bil Boris po vseh pogledih zadržan. Sestavijo si papir, kjer spominjajo na neplodnost kraljice in dojenčkov Demetrija, prosita kralja, da sklene novo poroko. Golovin namiguje Shuiskyju o možnosti, da bi namesto Fedorja postavil Demetrija, a prejme strog odboj. Princesa Mstislavskaya nosi goste naokoli, pije Fedorjevo zdravje. Shakhovsky, ženin Mstislavske, soigralec Volokhov imenuje kraj skrivnega sestanka. Ivan Petrovič pošlje peticijo metropolitu, v kateri žali, da je treba uničiti kraljico. Fedjuk Starkov, njegov batler, poroča o tem, kar je videl Godunov. Ko je od Uglicha prejel informacije o Golovinovem razmerju z Nagimi in videl grožnjo njegovi moči, sporoči svojim podpornikom Lup-Kleshninu in knezu Tureninu odločitev, da se pomiri s Shuiskyjem. Prihaja Fyodor, ki se pritožuje nad zajetim konjem. Pojavi se kraljica Irina, ki Fedor nagajivo poroča o lepotici Mstislavskiji, ki jo je videl v cerkvi, in kraljici takoj zagotovi, da je zanj lepša od vseh drugih. Godunov govori o želji, da bi se sprijaznil s Shuiskyjem, in car se zadeve z veseljem loti.
Fedor naznani, da namerava Godunova uskladiti s Šuiškim in prosi za pomoč metropolita Dionizija in druge duhovščine. Dionizije obtožuje Godunova, da je zatiral cerkev, prizanesljiv do heretikov in nadaljeval pobiranje davkov, od katerih je bila cerkev osvobojena. Godunov mu predstavi zaščitna pisma in poroča o preganjanem krivoverstvu. Kralj prosi za podporo Irine in bojev. Ob narodnem navdušenju prihaja Ivan Petrovič Šujski. Fedor mu očita, da ni obiskal Dume, Šujskega je odvrnil, ker se Godunov ne more sprijazniti. Fjodor, ko se spominja Svetega pisma in kliče duhovnike za priče, govori o koristih sprave in Godunov, ki mu je ubogljiv, ponuja Šuiškemu privolitev. Shuisky ga očita, da ni hotel deliti državne uprave, kar je Janez zaveroval petericam: Zaharyin (pokojni), Mstislavsky (na silo), Belsky (v izgnanstvu), Godunov in Shuisky. Godunov, ki se opravičuje, govori o Shuiskyjevi aroganciji, da je izključno moč uporabil v korist Rusije, kar dokazuje tudi; dodaja, da je bila težka naloga, da bi spravila razočarano državo, ravno Šujski. In ko Ivan Petrovič pokliče svojega podpornika metropolita, poroča o Godunovih dejanjih v korist cerkve in prepriča Šujskega k miru. Irina, ki je pokazala svoje vezeno platnico za Pskovsko svetišče, priznava, da je to njena molitvena zaobljuba za zvezo Šuiškega, ki so ga nekoč oblegali Litovci v Pskovu. Navdušen Shuisky je pripravljen pozabiti staro neprijaznost, a od Godunova zahteva, da svojim sodelavcem zagotavlja varnost. Godunov prisega in poljubi križ. Vabljeni izbrani iz množice, ki jo je pripeljal Šujski. Fjodor govori s starcem in ne ve, kako bi ga ustavil, v nečaka spozna trgovca Krasilnikova, ki ga je pred kratkim z medvedkim bojem zabaval, se spominja brata Goluba, ki je Šahovskega premagal s pestmi - Godunov in Šujski mu nista takoj uspela vrniti carja, na kar so bili pozvani volivci . Shuisky napoveduje spravo z Godunovom, trgovci so zaskrbljeni ("Umirjate naše glave"), Shuiskyja je motilo njegovo nezaupanje do osebe, ki je pravkar prisegla na križ. Trgovci prosijo za zaščito od kralja Godunova, vendar jih pošlje k Borisu. Boris tiho naroči, naj si zapišejo imena trgovcev.
Ponoči na vrtu Shuisky princesa Mstislavskaya in Vasilisa Volokhova čakata na Shahovhovskega. Pride, se pogovarja o ljubezni, o nestrpnosti, s katero poroko čaka, se ji smeji in se šali z njo. Krasilnikov priteče, spušča, Šahovski se skrije, pokliče Ivana Petroviča in poroča, da so bili vsi, ki so bili s carjem, ujeti po Godunovem ukazu. Šokirani Šujski je ukazal Moskvi, naj se dvigne v Godunov. Namignil je, da se je Dimitrij Golovin naglo odlomil in rekel, da se je Boris prevaral v prevaro, šel je k carju. Medtem preostali barjani razpravljajo o peticiji in iščejo novo kraljico. Vasily Shuisky pokliče princeso Mstislavskoya. Njen brat se ni takoj odločil, saj je želel najti vsaj razlog za prepir s Šahovskim. Medtem ko se obotavlja, Golovin zapiše ime princese v peticijo. Pojavi se Shakhovskaya, ki izjavi, da se nevesti ne bo odrekla. Najdeta se tudi princesa in Volokhova. S splošnim vpitjem, medsebojnimi grožnjami in očitki Šahovskaja zgrabi pismo in beži. Godunov carskim državnim listinam predstavi, katerih vsebina se ne spušča, se pa strinja z Borisovimi odločitvami. Tsarina Irina govori o pismu Uglicha od Dowager Queen s prošnjo, da se vrne z Dimitrijem v Moskvo. Fjodor je zadevo zaupal Borisu, Irina pa je od njega zahtevala rešitev "družinske afere"; Fedor se prepira z Borisom in ga moti njegova trdoživost. Shuisky pride, se pritoži nad Godunovom. Ne odklene, pojasni, da trgovci niso bili vzeti za preteklost, ampak za to, da so poskušali razburiti svet med njim in Šuiškim. Cesar je pripravljen odpustiti Godunova, saj verjame, da se preprosto nista razumela, toda neusmiljena zahteva, da pusti kneza v Uglichu, je naposled jezna na carja. Godunov pravi, da daje pot Šuškemu, Fedor ga prosi, naj ostane, Shuisky, ranjen s carjevim vedenjem, odide. Kleshnin prinese pismo Golovina Nagima, poslano iz Uglicha, Godunov ga pokaže carju, ki zahteva, da ga Šujškega vzamejo v pripor in po možnosti usmrtijo. V primeru neuspeha grozi, da bo odšel. Šokirani Fedor po dolgem obotavljanju zavrne Godunove storitve.
Ivan Petrovich Shuisky tolaži princeso Mstislavskoya: ne bo ji dovolil, da bi se poročila s carjem in upa, da jih Shakhovskaya ne bo obvestila. Pošlje k princesi, sprejme božare in ubežnike Krasilnikov in Golob in ob predpostavki o odstranitvi obubožanega Fedorja in ustoličenju Demetrija določi vsakomur naloge. Odtujeni Godunov, ki sedi doma, sprašuje Kleshnina o Volokhovi in večkrat ponovi, "da bi ona zajebala princa". Kleshnin pošlje Volohova k UGLIČ-u novo mamo, mu naroči, naj se zaščiti, in namigne, da če se bo princ, ki trpi za neoluščenim, ubil, je ne bodo vprašali. Medtem pa Fedor ne more razbrati papirjev, ki so mu bili predstavljeni. Kleshnin pride in sporoči, da je Boris zbolel za frustracijo, Shuisky pa mora biti takoj zaprt zaradi njegove namere, da dvigne Demetrija na prestol. Fedor ne verjame. Vstopi Šujski, kateremu Fedor govori o odpovedi in ga prosi, naj se opraviči. Princ to zavrne, kralj vztraja, Kleshnin odrine. Shuisky priznava upor. Fjodor, prestrašen, da bo Godunov kaznoval Šujskega za izdajo, izjavi, da je sam ukazal princa postaviti na prestol, in iz sobe izstreli šokiranega Šujskega. Šahovska vlomi v kraljeve odaje in prosi, naj mu nevesto vrnejo. Fedor, ko je videl podpis Ivana Petroviča Šujskega, joka in ne posluša Irinih argumentov o nesmiselnosti prispevka. Da Irino ščiti pred žaljivkami, podpisuje ukaz Borisova, ki straši tako njo kot Šahovskega. Na mostu čez reko starček izgredi ljudi za Šujskega, Hussar poje o njegovi hrabrosti. Vozi se glasnik z novicami o napredovanju Tatarov. Princ Turenin z lokostrelci vodi Šujskega v zapor. Ljudje, ki jih je starček pognal, hočejo osvoboditi Shuiskyja, on pa o svoji krivdi govori pred "svetim" kraljem in da si zaslužijo kazen.
Kleshnin poroča Godunovu, da so Šuiški in njihovi podporniki zaprti in predstavi Vasilija Ivanoviča Šujskega. Zadevo obrne, kot da je začel peticijo za dobro Godunov. Če razume, da je Shuisky v njegovih rokah, ga Godunov izpusti. Tsarina Irina prihaja, da bi posredovala za Ivanom Petrovičem. Godunov se zaveda, da se Shuisky ne bo nehal prepirati z njim. Na trgu pred katedralo berači govorijo o spremembi metropolita, ki je Godunovemu nasprotoval, o usmrtitvi trgovcev, ki so stali za Šuiškim. Tsarina Irina vodi Mstislavskaya, da bi prosila Shuiskyja. Fedor pride iz stolnice in je za carja Ivana služil rekviem. Princesa se mu mudi pred nogami. Fedor pošlje princa Turenina za Shuiskyja. Toda Turenin poroča, da se je Shuisky ponoči zadavil, kriv je za to, da je spregledal (ker je premagal množico, ki jo je v zapor pripeljal Šahovski, in premagal le s streljanjem Šahovskega). Fedor hiti k Tureninu, ki ga obtožuje uboja Shuiskyja in mu grozi z usmrtitvijo. Glasnik prinese Uglichovo pismo o smrti princa. Šokirani kralj želi sam izvedeti resnico. Prihaja sporočilo o pristopu Kana in zgodnjem obleganju Moskve. Godunov ponuja, da bi poslal Kleshnina in Vasilija Shuiskyja, Fedor pa je prepričan v Godunovo nedolžnost. Princesa Mstislavskaya pravi, da si namerava podreti lase. Fedor bo po nasvetu svoje žene celo breme vlade predal Borisu in spominjal se namere, da se bo "dogovoril o vsem, izravnal vse", žali usodo in kraljevsko dolžnost.
