"Zgodba ..." se začne z molitvijo Nedolžnika, avtorja dela, ki prosi Gospoda, naj mu pomaga pri njegovem delu. To je tradicionalna tehnika, ki se uporablja v vsakdanji literaturi. Nato se začne sama pripoved, ki jo vodi v prvi osebi. V četrtek, tretji teden po veliki noči, starešina Pafnutij povabi redovnika Innocenta, da gre z njim v samostan. Ko Paphnutius in njegov učenec prideta do ribnika in se približata kraju za jezom, zagledata potok, ki teče skozi njega. Starejši pouči Innocenta, kako naj blokira pot vode. Študent se sprašuje, zakaj starejši to zdaj pravi - zato bo prišel delati z bratoma, starca pa jih bo vodil. Paphnutius odgovori na to, da ima pomembnejšo zadevo.
Po službi v šesti uri Paphnutius pokliče redovnika k svoji celici. Ko vstopi, zagleda Paphnutiusa v postelji v vseh svojih oblačilih. Blaženi govori učencu, da je "obveznost treba razrešiti." Ne razumejočih njegovih besed, zavzetih zaradi strahu pred tem, Innocent ne reče ničesar in se podredi Pafnutiju - odpravi se na jezo, kamor ga pošlje opat. Toda niti Innocent niti drugi menihi ne morejo delati zaradi "zmede" v dušah.
Ko se vrnejo v samostan, menihi najdejo Paphnutiusa v njegovi celici.Čim prej prosi kneza Mihaila in ga prosi, naj sam knez ne gre več v samostan in nikogar ne pošilja k Pafnutiju, ker je "sedel" z drugimi pomisleki. Zvečer opat ni prisoten pri bogoslužju v cerkvi in odgovarja na zmedena vprašanja menihov, da se bo isti dan v tednu, četrtek, znebil svoje slabosti. Tako avtor pokaže, da blaženi Pafnutij že vnaprej ve, kdaj je umrl. Nerazumevanje menihov je bilo v pripovedi namerno pretirano, da bi poudarilo dar predvidevanja svetnika, ki ga običajni ljudje niso dali.
Pafnutius posluša jutranjo službo v svoji celici in nato pokliče vse brate in se jim opraviči. Hkrati noče blagosloviti obrtnika Dionizije, ki se je takrat po naključju znašel v samostanu, razloži, da si sam ne more pomagati. Opat izpušča bratje (skupno je bilo v samostanu petinpetdeset ljudi, kot ugotavlja Innocent), Innocent pa prosi, naj ostanejo z njim nenehno. Študent podrobno opiše, katere storitve je opravljal Paphnutius. Tako lahko res domnevamo, da je bila "Zgodba ..." napisana na podlagi resničnih zapisov v dnevnikih, saj so menihi izračunali čas dneva po cerkvenih službah.
Medtem knez Mihail pošlje, da ugotovi, zakaj Paphnutius ni nikogar naročil, da bi ga sprejel, na kar mu starešina odgovori: "Nič me nima." Opat prav tako ne sprejme pisem in denarja iz Tverske dediščine in se jezi, ko jih Innokenty poskuša pustiti vse enake.Avtor ves čas poudarja, da se starešina Paphnutius odreče vsem zemeljskim zadevam in se duhovno začne pripravljati na smrt, ko nihče od tistih okoli njega tega še ne razume. Nekatere lastnosti, ki jih Innocent opaža v opatovem vedenju, so poznane drugim, vendar se poslabšajo (na primer, da ne zamudite niti enega verza ali besed v verzu), druge pa so nenavadne (omogoča vam, da po Vesperju prižgete svetilko v celici, čeprav je po službi običajno molil v temi , pred zakramentom pokliče duhovnika, čeprav pred tem še nikoli ni nikomur v takšnih razmerah govoril niti o najnujnejših zadevah).
Opisano v "Zgodbi ..." in odnosi s posvetnimi oblastmi. Kljub temu, da Paphnutius noče sprejeti odposlancev kneza Mihaela, niti duhovnika, s svojimi dejanji ne kaže le svoje odtujenosti od sveta, temveč tudi prinčeve zmote, saj prosi za blagoslov samo zase in enega sina. "Ali princ Vasilij ni njegov sin?" Sam v svoji družini povzroča neskladje, "pravi starešina Paphnutius. Pop Ivan, prinčev glasnik, se še vedno trudi doseči svoj cilj in prejeti blagoslov. Odpravi se v cerkev in upa, da bo tam med službo srečal opata. Pafnutius, ko je to opazil, hitro preide k oltarju. In šele potem, ko duhovnik zapusti samostan, Paphnutius zapusti cerkev in se vrne v svojo celico.
Paphnutius odgovarja tudi prošnjam drugih knezov - velikega vojvode Ivana Vasiljeviča, velike vojvodinje Marije, velike vojvodinje Sofije Grčije, ki nočejo sprejemati pisem, daril in glasnikov.
Na vprašanje Nedolžnega, kakšna bo njegova oporoka o samostanski zgradbi, Pafnutij odgovori z dolgotrajnim pogovorom in naslednika ne pokliče po opatu, češ da samostan zaupa Najsvetejšemu. Nedolžni ugotavlja, da opat nikoli ni samostana imenoval svojega, ampak Prechistaya, rekoč: "Ustvarila je." Tik pred smrtjo Paphnutius napoveduje upor med brati. V okviru njegovih prejšnjih besed je mogoče nekako razumeti, da starejši človek ni imel tesnega študenta, ki bi ga želel videti kot opata, zato je menil, da je možno nesoglasje med bratoma glede te zadeve. V prihodnosti bo v Življenju Jožefa Volotskega rečeno, da je sv. Pafnutij je svoj samostan zaročil Jožefu, ki je bil njegov najbližji učenec.
Svetino smrt je opisano preprosto in hkrati dirljivo: "In duša je odletela od starca, saj je zaspal z večnim spanjem, iztegnil noge in prekrižal roke navzkrižno, se pridružil svetim očetom, katerih življenje je posnemalo."
